[日本語] English
万見
- PDB-2e1v: Crystal structure of Dendranthema morifolium DmAT, seleno-methion... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e1v
タイトルCrystal structure of Dendranthema morifolium DmAT, seleno-methionine derivative
要素acyl transferase
キーワードTRANSFERASE / BAHD superfamily / acyl transferase / seleno-methionine derivative / Dendranthema morifolium / DmAT
機能・相同性: / Transferase family / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Anthocyanin malonyltransferase homolog
機能・相同性情報
生物種Chrysanthemum x morifolium (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Unno, H. / Ichimaida, F. / Kusunoki, M. / Nakayama, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and Mutational Studies of Anthocyanin Malonyltransferases Establish the Features of BAHD Enzyme Catalysis
著者: Unno, H. / Ichimaida, F. / Suzuki, H. / Takahashi, S. / Tanaka, Y. / Saito, A. / Nishino, T. / Kusunoki, M. / Nakayama, T.
履歴
登録2006年10月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: acyl transferase
B: acyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,4712
ポリマ－102,4712
非ポリマー00
水17,042946
1
A: acyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2351
ポリマ－51,2351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: acyl transferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2351
ポリマ－51,2351
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.777, 122.908, 70.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ILEILEASPASPAA6 - 3646 - 364
21ILEILEASPASPBB6 - 3646 - 364
32ASNASNLEULEUAA370 - 450370 - 450
42ASNASNLEULEUBB370 - 450370 - 450

-
要素

#1: タンパク質 acyl transferase


分子量: 51235.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chrysanthemum x morifolium (植物) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4PHY4, 転移酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 946 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, 20% glycerol, 0.2M magnesium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97909, 0.97928, 0.95000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979091
20.979281
30.951
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 81316 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 24.275 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 31.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→30.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 2.924 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23376 4079 5 %RANDOM
Rwork0.19559 ---
obs0.19753 77222 98.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6932 0 0 946 7878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0227100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.9679646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1525876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.15424.248306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.499151200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7041534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.23568
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.24909
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.2795
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.54510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16627154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6432919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4994.52492
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1760tight positional0.040.05
1706loose positional0.495
1760tight thermal0.190.5
1706loose thermal0.7610
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 263 -
Rwork0.242 5217 -
obs--90.95 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る