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万見
- PDB-2e1c: Structure of Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519/D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e1c
タイトルStructure of Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519/DNA Complex
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DT)-3')
  • Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA-binding / transcriptional regulatory protein / archaeal / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to amino acid / sequence-specific DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
AsnC-type helix-turn-helix domain / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel ...AsnC-type helix-turn-helix domain / AsnC-type HTH domain profile. / Lrp/AsnC effector binding domain/regulation of amino acid metabolism (RAM) domain / AsnC-type HTH domain / Transcription regulator AsnC-like / helix_turn_helix ASNC type / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / ArsR-like helix-turn-helix domain / Dimeric alpha-beta barrel / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH-type transcriptional regulator FL11
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koike, H. / Suzuki, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Feast/Famine Regulation by Transcription Factor FL11 for the Survival of the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus OT3.
著者: Yokoyama, K. / Ishijima, S.A. / Koike, H. / Kurihara, C. / Shimowasa, A. / Kabasawa, M. / Kawashima, T. / Suzuki, M.
履歴
登録2006年10月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年7月19日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1]
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DA)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DT)-3')
A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5613
ポリマ－29,5613
非ポリマー00
水2,396133
1
B: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DA)-3')
D: DNA (5'-D(*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DT)-3')

A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519

A: Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7124
ポリマ－48,7124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.41, 92.35, 109.19
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
モデル数2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DA)-3')


分子量: 5209.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DGP*DTP*DGP*DAP*DAP*DAP*DAP*DAP*DTP*DTP*DTP*DTP*DCP*DAP*DCP*DT)-3')


分子量: 5200.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Putative HTH-type transcriptional regulator PH1519 / Lrp/AsnC family protein


分子量: 19151.221 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 24-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O59188
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 875mM ammonium sulfate, 10mM magnesium chloride, 20mM sodium chloride, 100mM MES buffer, 5% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ammonium sulfate11
2magnesium chloride11
3sodium chloride11
4MES11
5glycerol11
6H2O11
7ammonium sulfate12
8magnesium chloride12
9sodium chloride12
10MES12
11glycerol12
12H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月3日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→55 Å / Num. obs: 20389 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 2956 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RI7

1ri7


解像度: 2.1→55 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1049 -RANDOM
Rwork0.206 ---
obs-19340 99.2 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.34 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1155 691 0 133 1979
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.12739
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004776

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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