PDB-2e0o: Mutant Human Ribonuclease 1 (V52L, D53L, N56L, F59L)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0o

タイトル

Mutant Human Ribonuclease 1 (V52L, D53L, N56L, F59L)

要素

Ribonuclease

キーワード

HYDROLASE / Mutant Human Pancreatic Ribonuclease 1

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / Late endosomal microautophagy / Chaperone Mediated Autophagy / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Kuroki, R.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: 'Crystal lattice engineering,' an approach to engineer protein crystal contacts by creating intermolecular symmetry: crystallization and structure determination of a mutant human RNase ...
著者: Yamada, H. / Tamada, T. / Kosaka, M. / Miyata, K. / Fujiki, S. / Tano, M. / Moriya, M. / Yamanishi, M. / Honjo, E. / Tada, H. / Ino, T. / Yamaguchi, H. / Futami, J. / Seno, M. / Nomoto, T. / ...

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0o.cif.gz	69.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0o.ent.gz	51.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0o_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0o_full_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示
XML形式データ	2e0o_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	2e0o_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0jC 2e0lC 2e0mC 7rsaS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xul-1 1u3p-d 2e0l-1 3rsp-d 5xu5-1 2f4w-1 5xug-2 5jlg-1 5xtt-2 5xul-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (8) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

A: Ribonuclease

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

A: Ribonuclease

ヘテロ分子

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

B: Ribonuclease

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
60.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	11_555	-x+y,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	5_564	y,-x+y+1,z-1/6	1
crystal symmetry operation	9_665	-x+1,-x+y+1,-z+2/3	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.461, 98.461, 112.087
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	Ribonuclease / Ribonuclease 1 / RNase 1 / RNase A / RNase UpI-1 / RIB-1 / HP-RNase 分子量: 14705.732 Da / 分子数: 2 / 変異: V52L, D53L, N56L, F59L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pBO26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07998, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.0M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 22154 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 18.4 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 35.5
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 7RSA

7rsa

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 9.716 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25454	1123	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20664	-	-	-
obs	0.2091	20937	99.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.662 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1985	0	57	171	2213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.03	0.021	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.54	1.962	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.822	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.665	23.125	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.233	15	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.493	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.163	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.241	0.2	969
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.274	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.312	1.5	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.814	2	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.211	3	865
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.625	4.5	757
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.302	71	-
R_work	0.27	1387	-
obs	-	-	90.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4399	0.6254	-0.6461	3.805	0.4695	3.282	0.0934	-0.4338	-0.203	0.6261	0.2371	0.0133	0.4553	0.0078	-0.3305	-0.2264	0.108	-0.0513	-0.2265	-0.0046	-0.3457	1.144	38.915	42.748
2	3.489	-0.2316	-0.9455	3.9357	-0.3898	6.0221	-0.1029	-0.4944	-0.0751	0.1419	0.5796	-0.8062	0.5458	0.6872	-0.4767	-0.4319	0.1608	-0.1087	-0.144	-0.2187	-0.1239	16.886	37.963	33.411
3	25.8884	-7.656	-1.5113	4.9883	2.6305	2.5452	-0.73	-2.1154	1.6109	0.2681	0.9624	-0.6433	0.1072	0.647	-0.2324	-0.3218	0.1028	0.0473	-0.128	-0.144	-0.1325	50.644	42.787	42.906
4	15.4448	-5.9583	-4.2796	8.0496	3.2287	4.952	0.8165	1.3439	0.6248	-0.4073	-0.5125	-0.1649	-0.6057	-0.4351	-0.3041	-0.3679	0.133	0.0902	-0.1909	0.0105	-0.2113	34.776	48.765	35.792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 48	2 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	80 - 102	81 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	49 - 79	50 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	103 - 126	104 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 48	2 - 49
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	80 - 102	81 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	49 - 79	50 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	103 - 124	104 - 125

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関連情報:EMDBヘッダ

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