PDB-2e0k: Crystal structure of CbiL, a methyltransferase involved in anaero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2e0k

タイトル

Crystal structure of CbiL, a methyltransferase involved in anaerobic vitamin B12 biosynthesis

要素

Precorrin-2 C20-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / cobalt-factor II / tetrapyrrole / S-adenosylmethionine

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 C20-methyltransferase / precorrin-2 C20-methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wada, K. / Fukuyama, K.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of CbiL, a methyltransferase involved in anaerobic vitamin B biosynthesis, and CbiL in complex with S-adenosylhomocysteine--implications for the reaction mechanism.
著者: Wada, K. / Harada, J. / Yaeda, Y. / Tamiaki, H. / Oh-Oka, H. / Fukuyama, K.

履歴

登録	2006年10月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2e0k.cif.gz	104.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2e0k.ent.gz	81.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2e0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2e0k_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2e0k_full_validation.pdf.gz	455.4 KB	表示
XML形式データ	2e0k_validation.xml.gz	22 KB	表示
CIF形式データ	2e0k_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/2e0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2e0nC 2cbfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2d65-d 2d7y-d 4a00-d 5wm6-d 6e97-1 1amq-d 2d63-d 1wne-d 2yl2-2 6iyl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Precorrin-2 C20-methyltransferase

B: Precorrin-2 C20-methyltransferase

55.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.214, 88.214, 123.697
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

The biological assembly is a homodimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Precorrin-2 C20-methyltransferase 分子量: 27595.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) 遺伝子: cbiL / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KFD9, precorrin-2 C20-methyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Precorrin-2 C20-methyltransferase

分子量: 27595.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
遺伝子: cbiL / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8KFD9, precorrin-2 C20-methyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% PEG 3350, 0.2M ammonium nitrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 29174 / Num. obs: 29174 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.5 % / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 12.9 % / R_sym value: 0.266 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BSS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBF

2cbf

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 10.145 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27317	1478	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21839	-	-	-
obs	0.22116	27638	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3603	0	0	151	3754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.896	1.989	4966
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.153	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.827	22.889	135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.04	15	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.425	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.131	0.2	588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2722
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.251	0.2	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.131	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.227	1.5	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.955	2	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.765	3	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.141	4.5	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	112	-
R_work	0.196	1968	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6674	-0.4806	1.1468	3.0625	-0.4079	2.2378	0.3178	0.0534	-0.2438	0.0573	-0.0546	0.2062	0.3309	0.1094	-0.2632	0.1319	-0.0202	-0.074	-0.0121	-0.0194	0.0169	31.265	0.488	30.713
2	38.0965	9.8021	5.7956	26.3485	0.8957	16.3615	0.7143	-5.0626	1.4333	2.3587	-0.357	3.2404	0.5627	-1.1997	-0.3572	0.4602	0.0009	-0.012	0.4531	0.003	0.4597	34.938	-2.387	48.254
3	1.3312	-0.5283	0.739	2.7275	0.8556	1.3959	0.2227	-0.0874	-0.0253	0.3749	-0.0213	-0.0033	0.2576	0.093	-0.2014	0.1207	-0.0136	-0.0217	0.0362	0.0113	-0.0174	34.668	10.366	35.541
4	3.2351	0.8393	-0.0417	1.0421	0.4836	4.6742	0.0932	-0.3426	0.03	0.2885	-0.097	0.3504	0.1006	-0.6932	0.0038	-0.046	-0.0334	0.1507	0.0959	-0.0451	0.1504	12.951	19.248	42.112
5	2.6617	-1.0258	0.9814	3.6654	-0.3485	0.6281	0.0252	0.3053	0.1765	-0.6966	-0.2204	0.0134	-0.0184	0.1703	0.1952	0.22	-0.0078	-0.0453	0.0782	0.0536	-0.0604	29.381	25.041	15.43
6	3.6667	-0.2654	-0.1311	7.4002	-2.8416	2.3728	-0.1117	0.5232	0.6971	-0.4771	0.1087	0.5121	-0.1387	-0.0996	0.003	0.1097	0.0304	-0.1904	0.0422	0.1765	-0.0319	24.587	33.308	14.145
7	1.6492	0.1689	0.805	1.3106	-0.1622	1.1182	0.012	-0.0112	0.2116	-0.0158	-0.0596	0.3442	-0.1342	0.0359	0.0477	0.0885	0.0051	0.0049	0.0012	-0.0136	0.0841	25.761	26.452	30.521
8	2.7099	0.916	-0.5233	3.0079	-0.6246	1.3314	0.0335	-0.1402	0.3806	0.2186	-0.0234	-0.0206	-0.1326	0.1291	-0.0101	0.0606	-0.0526	-0.0085	0.0235	-0.0265	0.0161	42.302	29.794	39.881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 71	1 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	72 - 87	72 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	88 - 152	88 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	153 - 245	153 - 245
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	2 - 55	2 - 55
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	56 - 98	56 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	99 - 163	99 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	164 - 245	164 - 245

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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