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- PDB-2dyh: Crystal structure of the Keap1 protein in complexed with the N-te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dyh
タイトルCrystal structure of the Keap1 protein in complexed with the N-terminal region of the Nrf2 transcription factor
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Nrf2/Neh2 peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / bet-propeller / Kelch motif / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / regulation of removal of superoxide radicals / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration ...aflatoxin catabolic process / positive regulation of glutathione biosynthetic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / PERK-mediated unfolded protein response / cellular response to carbohydrate stimulus / regulation of removal of superoxide radicals / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / KEAP1-NFE2L2 pathway / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / cellular response to laminar fluid shear stress / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / cellular response to fluid shear stress / cellular response to angiotensin / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of ferroptosis / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / transcription factor binding / regulation of innate immune response / regulation of embryonic development / centriolar satellite / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of blood coagulation / cellular response to interleukin-4 / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to glucose starvation / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / inclusion body / cellular response to copper ion / response to endoplasmic reticulum stress / cell redox homeostasis / protein-DNA complex / regulation of autophagy / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of D-glucose import / actin filament / molecular condensate scaffold activity / adherens junction / positive regulation of neuron projection development / cellular response to hydrogen peroxide / RNA polymerase II transcription regulator complex / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / disordered domain specific binding / cellular response to xenobiotic stimulus / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / negative regulation of gene expression / focal adhesion / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch repeat type 1 / Kelch motif / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / 6 Propeller / Neuraminidase / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2007
タイトル: Different electrostatic potentials define ETGE and DLG motifs as hinge and latch in oxidative stress response
著者: Tong, K.I. / Padmanabhan, B. / Kobayashi, A. / Shang, C. / Hirotsu, Y. / Yokoyama, S. / Yamamoto, M.
履歴
登録2006年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Nrf2/Neh2 peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4809
ポリマ－36,8072
非ポリマー6727
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.131, 103.131, 56.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Keap1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2


分子量: 35006.277 Da / 分子数: 1 / 断片: Keap1-DC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3)_RIL / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド Nrf2/Neh2 peptide from Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / NF-E2-related factor 2 / NFE2-related factor 2 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 1801.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nrf2 peptide, synthetic peptide / 参照: UniProt: Q60795
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium sulfate, Lithium Sulfate, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月16日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 27043 / Num. obs: 26542 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.398 / Num. unique all: 2359 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X2J

1x2j


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21102 1335 5 %RANDOM
Rwork0.17237 ---
obs0.17432 25143 98.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.302 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å2-0.4 Å20 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---1.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2321 0 35 307 2663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.953275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0185300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.52422.895114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5315357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8111522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021874
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21078
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21616
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1421.51532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.80822388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69131014
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.814.5887
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 92 -
Rwork0.219 1621 -
obs--86.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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