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万見
- PDB-2dy2: Nitrite reductase pH 6.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dy2
タイトルNitrite reductase pH 6.0
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper protein / cupredoxin / denitrification
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Jacobson, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: pH Dependence of Copper Geometry, Reduction Potential, and Nitrite Affinity in Nitrite Reductase
著者: Jacobson, F. / Pistorius, A. / Farkas, D. / De Grip, W. / Hansson, O. / Sjolin, L. / Neutze, R.
履歴
登録2006年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年5月23日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.pdbx_wavelength / _diffrn_source.pdbx_wavelength_list
改定 1.42023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0393
ポリマ－35,9121
非ポリマー1272
水1,29772
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1169
ポリマ－107,7353
非ポリマー3816
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area13600 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area31180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)74.996, 74.996, 153.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y, x-y-1, z-1 and -x+y, -x-1, z-l.

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Cu-NIR


分子量: 35911.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: 2.4.3 / 遺伝子: nirK / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q53239, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Tris, MgCl2, PEG 1500, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.115 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→31.77 Å / Num. obs: 15045 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.26-2.385.60.2942.61215721740.294100
2.38-2.535.60.2073.71185921090.207100
2.53-2.75.60.1614.61093819480.161100
2.7-2.925.70.11461045118470.114100
2.92-3.25.70.0788.4939916570.078100
3.2-3.575.70.06310.1877115510.063100
3.57-4.135.70.04911.8739313030.049100
4.13-5.055.70.04512.6652011430.045100
5.05-7.155.70.05311.449908730.053100
7.15-51.235.20.03320.423004400.03392.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZV2

1zv2


解像度: 2.26→31.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 7.59 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.361 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 760 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.194 ---
obs-15043 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.279 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.07 Å2-1.04 Å20 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---3.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→31.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 2 72 2604
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.9523543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4835328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62324.188117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03815391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6141511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022035
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21686
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7481.51680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27922628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.77531047
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6644.5915
LS精密化 シェル解像度: 2.26→2.319 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 60 -
Rwork0.252 1049 -
obs-1109 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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