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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dv5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Leu65 to Ala mutant of Diphthine synthase | ||||||
![]() | diphthine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() diphthine synthase / diphthine synthase activity / protein histidyl modification to diphthamide / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mizutani, H. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of diphthine synthase from Pyrococcus horikoshii OT3 著者: Mizutani, H. / Matsuura, Y. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 803.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 809.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vceC ![]() 2dsgC ![]() 2dshC ![]() 2dsiC ![]() 2dv3C ![]() 2dv4C ![]() 2dv7C ![]() 2dxvC ![]() 2dxwC ![]() 2dxxC ![]() 2e07C ![]() 2e08C ![]() 2e15C ![]() 2e16C ![]() 2e17C ![]() 2e7rC ![]() 2egbC ![]() 2eglC ![]() 2egsC ![]() 2ehcC ![]() 2ehlC ![]() 2z6rC ![]() 1wngS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 29571.287 Da / 分子数: 2 / 変異: L65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 449分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SAH.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-SAH / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.71 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES, 0.01M Co CHLORIDE, pH 6.5, microbatch, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: bending magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 39886 / Num. obs: 39886 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 5.08 / Num. unique all: 3905 / Rsym value: 0.333 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1WNG 解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2368295.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.1396 Å2 / ksol: 0.3478 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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