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万見
- PDB-2dtt: Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dtt
タイトルCrystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase from Pyrococcus horikoshii OT3 complexed with (1'R,2'S)-biopterin
要素Hypothetical protein PH0634
キーワードLYASE / 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase (PTPS) / Biopterin / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD family / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase/QueD superfamily / 6-pyruvoyl tetrahydropterin synthase / Tetrahydropterin Synthase; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N.
履歴
登録2006年7月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PH0634
B: Hypothetical protein PH0634
C: Hypothetical protein PH0634
D: Hypothetical protein PH0634
E: Hypothetical protein PH0634
F: Hypothetical protein PH0634
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,64212
ポリマ－81,1956
非ポリマー1,4476
水7,296405
1
A: Hypothetical protein PH0634
B: Hypothetical protein PH0634
C: Hypothetical protein PH0634
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3216
ポリマ－40,5973
非ポリマー7243
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5960 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15300 Å2
手法PISA
2
D: Hypothetical protein PH0634
E: Hypothetical protein PH0634
F: Hypothetical protein PH0634
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3216
ポリマ－40,5973
非ポリマー7243
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.682, 105.445, 96.147
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Biological assembly is a trimer. In the assymmetric unit subunits (A,B,C) and (D,E,F) represent biological units

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein PH0634 / 6-pyruvoyl tetrahydrobiopterin synthase


分子量: 13532.464 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: PH0634 / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)RIL / 参照: UniProt: O58368
#2: 化合物
ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.77 %
結晶化温度: 291 K / 手法: microbathch / pH: 6.25
詳細: 16.5% PEG 20000, 0.1M Acetate, NAOH pH6.25, 3mM Biopterin, microbathch, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 36076 / Num. obs: 32611 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 2906 / Rsym value: 0.225 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DJ6

2dj6


解像度: 2.2→35.68 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1637 -RANDOM
Rwork0.195 ---
obs0.195 32611 90.4 %-
all-36076 --
原子変位パラメータBiso mean: 38.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å20 Å2-6.17 Å2
2--2.24 Å20 Å2
3----5.48 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5403 0 102 405 5910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.65
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.024
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 131 -
Rwork0.231 --
obs-2851 79.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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