[日本語] English
万見
- PDB-2dso: Crystal structure of D138N mutant of Drp35, a 35kDa drug responsi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dso
タイトルCrystal structure of D138N mutant of Drp35, a 35kDa drug responsive protein from Staphylococcus aureus
要素Drp35
キーワードHYDROLASE / BETA PROPELLER
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / TolB, C-terminal domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tanaka, Y. / Ohki, Y. / Morikawa, K. / Yao, M. / Watanabe, N. / Ohta, T. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and Mutational Analyses of Drp35 from Staphylococcus aureus: A POSSIBLE MECHANISM FOR ITS LACTONASE ACTIVITY
著者: Tanaka, Y. / Morikawa, K. / Ohki, Y. / Yao, M. / Tsumoto, K. / Watanabe, N. / Ohta, T. / Tanaka, I.
履歴
登録2006年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Drp35
B: Drp35
C: Drp35
D: Drp35
E: Drp35
F: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,57821
ポリマ－222,8206
非ポリマー75715
水15,781876
1
A: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3094
ポリマ－37,1371
非ポリマー1723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2173
ポリマ－37,1371
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2173
ポリマ－37,1371
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4015
ポリマ－37,1371
非ポリマー2644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2173
ポリマ－37,1371
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2173
ポリマ－37,1371
非ポリマー802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
A: Drp35
ヘテロ分子

B: Drp35
C: Drp35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,74310
ポリマ－111,4103
非ポリマー3337
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7180 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area31730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.548, 182.432, 81.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.58, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is monomer. Six molecules of monomers are included in an asymmetric unit.

-
要素

#1: タンパク質
Drp35


分子量: 37136.727 Da / 分子数: 6 / 変異: D138N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q99QV3, 1,4-lactonase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 100mM HEPES, 1M succinic acid, 1% polyethylene glycol mono methyl ether 2000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 116543 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.105

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DG1

2dg1


解像度: 2.1→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2606129.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 11651 10 %RANDOM
Rwork0.168 ---
obs0.168 116380 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.2612 Å2 / ksol: 0.415262 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 26.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.24 Å20 Å23.88 Å2
2---5.96 Å20 Å2
3---4.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15082 0 30 876 15988
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.221.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.872
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 1800 9.5 %
Rwork0.202 17144 -
obs--97.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3cis_peptide.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramgol_xplor_2.top
X-RAY DIFFRACTION5gol_xplor_2.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る