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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dlx | ||||||
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タイトル | Solution structure of the UAS domain of human UBX domain-containing protein 7 | ||||||
要素 | UBX domain-containing protein 7 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UAS domain / UBX domain-containing protein 7 / Protein KIAA0794 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 VCP-NPL4-UFD1 AAA ATPase complex / ubiquitin binding / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Zhang, H.P. / Nagasima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Solution structure of the UAS domain of human UBX domain-containing protein 7 著者: Zhang, H.P. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX Determination method: Author determined |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dlx.cif.gz | 920.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dlx.ent.gz | 775 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dlx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dlx_validation.pdf.gz | 343.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dlx_full_validation.pdf.gz | 509.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2dlx_validation.xml.gz | 67.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dlx_validation.cif.gz | 82.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dl/2dlx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17337.371 Da / 分子数: 1 / 断片: UAS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: UBXD7, KIAA0794 / プラスミド: P050719-12 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: O94888 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: spectrometer_id 1 for 3D_15N_separated_NOESY; spectrometer_id 2 for 3D_13C_separated_NOESY |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.45 mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02%NaN3, 90%H2O; 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |