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万見
- PDB-2dkh: Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dkh
タイトルCrystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni, in complex with the substrate
要素3-hydroxybenzoate hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE / FLAVOPROTEIN / MONOOXYGENASE / SUBSTRATE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase / 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase activity / FAD binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal TRX-fold domain superfamily / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / Phenol hydroxylase, C-terminal TRX-fold domain superfamily / Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain / : / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / Glutaredoxin / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYBENZOIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase / 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Comamonas testosteroni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hiromoto, T. / Fujiwara, S. / Hosokawa, K. / Yamaguchi, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
著者: Hiromoto, T. / Fujiwara, S. / Hosokawa, K. / Yamaguchi, H.
履歴
登録2006年4月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxybenzoate hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,7966
ポリマ－70,5841
非ポリマー1,2125
水10,701594
1
A: 3-hydroxybenzoate hydroxylase
ヘテロ分子

A: 3-hydroxybenzoate hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,59212
ポリマ－141,1682
非ポリマー2,42410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+1/31
Buried area10040 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area45880 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)73.590, 73.590, 224.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1130-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-hydroxybenzoate hydroxylase / m-hydroxybenzoate hydroxylase


分子量: 70584.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Comamonas testosteroni (バクテリア) / 株: KH122-3s
参照: UniProt: Q05KQ5, UniProt: Q6SSJ6*PLUS, 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-3HB / 3-HYDROXYBENZOIC ACID / 3-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 594 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.487694 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.556614 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 1.3M AMMONIUM SULFATE, 6% 1,4-DIOXANE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月25日 / 詳細: HORIZONTAL FOCUSING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 65622 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 9388 / Rsym value: 0.268 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→45 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2288950.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.001 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 6646 10.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 65544 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.85 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å21.08 Å20 Å2
2--2.04 Å20 Å2
3----4.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4785 0 78 594 5457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.42
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.242.5
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1081 10.1 %
Rwork0.2 9586 -
obs-9586 98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FAD_3HB_14.PARAMFAD_3HB_14.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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