PDB-2djp: The solution structure of the LysM domain of human hypothetical p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2djp

タイトル

The solution structure of the LysM domain of human hypothetical protein SB145

要素

Hypothetical protein SB145

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / LysM / Hypothetical protein SB145 / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Sasagawa, A. / Tochio, N. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The solution structure of the LysM domain of human hypothetical protein SB145
著者: Sasagawa, A. / Tochio, N. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年4月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2djp.cif.gz	464.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2djp.ent.gz	388.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2djp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2djp_validation.pdf.gz	342.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2djp_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	2djp_validation.xml.gz	26.3 KB	表示
CIF形式データ	2djp_validation.cif.gz	40.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/2djp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/2djp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7knv-d 2di8-d 3crp-d 1jjh-1 2o03-d 2yuo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsg002000086.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hypothetical protein SB145

8.45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy,fewest violations

#1: タンパク質	Hypothetical protein SB145 分子量: 8450.560 Da / 分子数: 1 / 断片: LysM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: SB145 / プラスミド: P050302-36 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q96S90

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	2	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.35mM LysM U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F	解析
NMNMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.933	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy,fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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