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万見
- PDB-2dhb: THREE DIMENSIONAL FOURIER SYNTHESIS OF HORSE DEOXYHAEMOGLOBIN AT ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2dhb
タイトルTHREE DIMENSIONAL FOURIER SYNTHESIS OF HORSE DEOXYHAEMOGLOBIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素
  • HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
  • HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Perutz, M.F.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1970
タイトル: Three dimensional fourier synthesis of horse deoxyhaemoglobin at 2.8 Angstrom units resolution.
著者: Bolton, W. / Perutz, M.F.
履歴
登録1973年11月1日処理サイト: BNL
置き換え1977年6月7日ID: 1DHB
改定 1.01977年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32014年10月29日Group: Derived calculations
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / Other / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_database_status
Item: _audit_author.name / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 285THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3754
ポリマ－31,1432
非ポリマー1,2332
水362
1
A: HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)
B: HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7518
ポリマ－62,2854
非ポリマー2,4664
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.960, 81.700, 92.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Atom site foot note1: PERSONAL COMMUNICATION FROM M. F. PERUTZ (18-NOV-75) INDICATES THAT RESIDUE LEU B 112 SHOULD BE VAL B 112 AND RESIDUE VAL B 114 SHOULD BE LEU B 114.
2: REFERENCE 2 ABOVE INDICATES THAT RESIDUE ALA A 63 SHOULD BE GLY A 63 AND RESIDUE GLY A 65 SHOULD BE ALA A 65.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) (ALPHA CHAIN)


分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN (DEOXY) (BETA CHAIN)


分子量: 16004.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PERSONAL COMMUNICATION FROM M. F. PERUTZ (18-NOV-75) INDICATES THAT RESIDUE LEU B 112 SHOULD BE VAL ...PERSONAL COMMUNICATION FROM M. F. PERUTZ (18-NOV-75) INDICATES THAT RESIDUE LEU B 112 SHOULD BE VAL B 112 AND RESIDUE VAL B 114 SHOULD BE LEU B 114. REFERENCE 2 ABOVE INDICATES THAT RESIDUE ALA A 63 SHOULD BE GLY A 63 AND RESIDUE GLY A 65 SHOULD BE ALA A 65.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化
*PLUS
手法: other

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解析

精密化最高解像度: 2.8 Å
詳細: IN THE COORDINATE FRAME OF THIS DATA-BANK ENTRY THE MOLECULAR DIAD IS ALIGNED WITH THE Y AXIS. TO GENERATE COORDINATES FOR THE ALPHA-2 AND BETA-2 CHAINS FROM THE ALPHA-1 AND BETA-1 ...詳細: IN THE COORDINATE FRAME OF THIS DATA-BANK ENTRY THE MOLECULAR DIAD IS ALIGNED WITH THE Y AXIS. TO GENERATE COORDINATES FOR THE ALPHA-2 AND BETA-2 CHAINS FROM THE ALPHA-1 AND BETA-1 COORDINATES GIVEN HERE APPLY THE MTRIX TRANSFORMATION GIVEN BELOW.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2201 0 86 2 2289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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