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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dh1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of peanut lectin lactose-azobenzene-4,4'-dicarboxylic acid-lactose complex | ||||||
![]() | Galactose-binding lectin | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / AGGLUTININ / CROSSLINK / OPEN QUATERNARY STRUCTURE / CARBOHYDRATE SPECIFICITY / MULTIVALENCY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Natchiar, S.K. / Srinivas, O. / Nivedita, M. / Sagarika, D. / Jayaraman, N. / Surolia, A. / Vijayan, M. | ||||||
![]() | ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2006 タイトル: Multivalency in lectins - A crystallographic, modelling and light-scattering study involving peanut lectin and a bivalent ligand 著者: Natchiar, S.K. / Srinivas, O. / Nivedita, M. / Sagarika, D. / Jayaraman, N. / Surolia, A. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 1994 タイトル: Crystal structure of peanut lectin, a protein with an unusual quaternary structure 著者: Banerjee, R. / Mande, S.C. / Ganesh, V. / Das, K. / Dhanaraj, V. / Mahanta, S.K. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #2: ![]() タイトル: Conformation, protein-carbohydrate interactions and a novel subunit association in the refined structure of peanut lectin-lactose complex 著者: Banerjee, R. / Das, K. / Ravishankar, R. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #3: ![]() タイトル: The Specificity of Peanut Agglutinin for Thomsen-Friedenreich Antigen is Mediated by Water-Bridges 著者: Ravishankar, R. / Ravindran, M. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #4: ![]() タイトル: Structural plasticity of peanut lectin: an X-ray analysis involving variation in pH, ligand binding and crystal structure 著者: Natchiar, S.K. / Jeyaprakash, A.A. / Ramya, T.N. / Thomas, C.J. / Suguna, K. / Surolia, A. / Vijayan, M. #5: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2002 タイトル: Photoswitchable multivalent sugar ligands: synthesis, isomerization, and lectin binding studies of azobenzene-glycopyranoside derivatives 著者: Srinivas, O. / Mitra, N. / Surolia, A. / Jayaraman, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 40.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 25.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 412 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 474.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pelS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Biological molecule is a tetramer. It can be generated from the dimer in the asymmetric by symmetry |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25208.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 12% PEG 8000, 0.05M sodium phosphate, 0.2M sodium cholride, 0.02% sodium azide, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月3日 / 詳細: OSMIC MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 7.65→20 Å / Num. obs: 2273 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 |
反射 シェル | 解像度: 7.65→7.8 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 219 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2PEL 解像度: 7.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.812 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 897.888 / SU ML: 6.067 / ESU R: 4.956 / ESU R Free: 5.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: RIGID BODY REFINEMENT. THE COORDINATES FOR ONLY THE ALPHA CARBONS ARE PRESENT IN THE STRUCTURE. THE NUMBER OF MISSING ATOMS WAS SO MUCH THAT REMARK 470 FOR THE MISSING ATOMS LIST WERE REMOVED.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 7.65→20 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 7.65→7.91 Å / Total num. of bins used: 20
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