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- PDB-2ddt: Crystal structure of sphingomyelinase from Bacillus cereus with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ddt
タイトルCrystal structure of sphingomyelinase from Bacillus cereus with magnesium ion
要素Sphingomyelin phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / DNase I like folding / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelin phosphodiesterase activity / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sphingomyelinase C/phospholipase C / Sphingomyelin phosphodiesterase 2-like / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sphingomyelinase C
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ago, H. / Oda, M. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Miyano, M. / Sakurai, J. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structural basis of the sphingomyelin phosphodiesterase activity in neutral sphingomyelinase from Bacillus cereus.
著者: Ago, H. / Oda, M. / Takahashi, M. / Tsuge, H. / Ochi, S. / Katunuma, N. / Miyano, M. / Sakurai, J.
履歴
登録2006年2月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingomyelin phosphodiesterase
B: Sphingomyelin phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,36610
ポリマ－68,6862
非ポリマー6808
水9,620534
1
A: Sphingomyelin phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6835
ポリマ－34,3431
非ポリマー3404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sphingomyelin phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6835
ポリマ－34,3431
非ポリマー3404
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.844, 50.893, 59.506
Angle α, β, γ (deg.)81.87, 81.84, 79.68
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Sphingomyelin phosphodiesterase / sphingomyelinase


分子量: 34343.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: IAM 1029 / プラスミド: pHY300PLK / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): ISW1214 / 参照: UniProt: P11889, sphingomyelin phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 18% (w/v) PEG 8000, 0.2M magnesium sulfate, 0.1mM calcium chrolide, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 48543 / Num. obs: 48543 / % possible obs: 90.8 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 2.971 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23024 2438 5 %RANDOM
Rwork0.19295 ---
obs0.19478 48541 90.77 %-
all-48541 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.4 Å20.76 Å2
2---0.25 Å20.66 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4570 0 38 534 5142
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224722
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1611.9416411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.63739398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0145569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.41825.771227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.91115771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4691510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2680.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.24020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1120.22085
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.821.53717
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3921.51156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06224654
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22132243
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9984.51757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 184 -
Rwork0.238 3483 -
obs--93.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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