+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dd7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | A GFP-like protein from marine copepod, Chiridius poppei | ||||||
![]() | green fluorescent protein | ||||||
![]() | LUMINESCENT PROTEIN / FLUORESCENT PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Suto, K. / Masuda, H. / Takenaka, Y. / Mizuno, H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for red-shifted emission of a GFP-like protein from the marine copepod Chiridius poppei 著者: Suto, K. / Masuda, H. / Takenaka, Y. / Tsuji, F.I. / Mizuno, H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 84.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 459.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 467.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||
2 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24620.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-CXS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GLY 55, TYR 56 AND GLY 57 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHOR | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.59 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 0.1M CAPS (pH 10.5), 2.2M Ammonium Sulfate, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: SILICON (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97986 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 65109 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 9.9 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.9488 Å2 / ksol: 0.393849 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.2 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|