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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dbv | ||||||
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タイトル | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE MUTANT WITH ASP 32 REPLACED BY GLY, LEU 187 REPLACED BY ALA, AND PRO 188 REPLACED BY SER COMPLEXED WITH NADP+ | ||||||
要素 | GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NAD(P) SELECTIVITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: A crystallographic comparison between mutated glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases from Bacillus stearothermophilus complexed with either NAD+ or NADP+. 著者: Didierjean, C. / Rahuel-Clermont, S. / Vitoux, B. / Dideberg, O. / Branlant, G. / Aubry, A. #1: ジャーナル: Gene / 年: 1989 タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its ...タイトル: Nucleotide Sequence Determination of the DNA Region Coding for Bacillus Stearothermophilus Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase and of the Flanking DNA Regions Required for its Expression in Escherichia Coli 著者: Branlant, C. / Oster, T. / Branlant, G. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987 タイトル: Structure of Holo-Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase from Bacillus Stearothermophilus at 1.8 A Resolution 著者: Skarzynski, T. / Moody, P.C. / Wonacott, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dbv.cif.gz | 266.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dbv.ent.gz | 217.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dbv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2dbv_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2dbv_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2dbv_validation.xml.gz | 55.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2dbv_validation.cif.gz | 75.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/2dbv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35880.895 Da / 分子数: 4 / 変異: D32G, L187A, P188S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COMPLEXED WITH NADP+ 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア) 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GAP / 遺伝子 (発現宿主): BACILLUS STEAROTHERMOPHILUS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DF221 参照: UniProt: P00362, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NDP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % 解説: MUTANT CRYSTALS ARE ISOMORPHOUS TO THAT OF THE WILD-TYPE HOLOENZYME (1GD1) CRYSTALS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.9 / 詳細: pH 6.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年5月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→15 Å / Num. obs: 70186 / % possible obs: 84.1 % / Rsym value: 0.097 |
反射 | *PLUS 冗長度: 2.4 % / Num. measured all: 65530 / Rmerge(I) obs: 0.097 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.31 |