PDB-2da4: Solution structure of the homeobox domain of the hypothetical pro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2da4

タイトル

Solution structure of the homeobox domain of the hypothetical protein, DKFZp686K21156

要素

Hypothetical protein DKFZp686K21156

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / homeobox domain / three helices with the DNA binding helix-turn-helix motif / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Ohnishi, S. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the homeobox domain of the hypothetical protein, DKFZp686K21156
著者: Ohnishi, S. / Kigawa, T. / Saito, K. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2da4.cif.gz	475.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2da4.ent.gz	399.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2da4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2da4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/2da4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ztt-1 1q4q-10 2m9u-d 3cm2-10 1oo4-d 1wgx-d 1xx0-d 1l7b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hso003011245.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Hypothetical protein DKFZp686K21156

8.82 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical protein DKFZp686K21156 / Hypothetical protein LOC139324 分子量: 8824.898 Da / 分子数: 1 / 断片: homeobox domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: CXorf43 / プラスミド: P050404-05 / 参照: GenBank: 75517232, UniProt: Q7Z353*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.0mM protein U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.932	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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