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- PDB-2d7g: Crystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d7g
タイトルCrystal structure of the aa complex of the N-terminal domain of PriA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
  • Primosomal protein N'
キーワードHYDROLASE / PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication initiation / response to gamma radiation ...DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / plasmid maintenance / primosome complex / DNA replication, synthesis of primer / 3'-5' DNA helicase activity / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / DNA replication initiation / response to gamma radiation / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / response to antibiotic / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
PriA, 3(prime) DNA-binding domain / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain ...PriA, 3(prime) DNA-binding domain / Primosomal protein N' / PriA DNA helicase, Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain / Primosomal protein N, C-terminal domain / Primosomal protein N', 3' DNA-binding domain superfamily / : / : / 3'DNA-binding domain (3'BD) / Primosomal protein N C-terminal domain / PriA DNA helicase Cys-rich region (CRR) domain / Primosomal protein N'-like, winged helix / GIY-YIG endonuclease / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Primosomal protein N'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sasaki, K. / Ose, T. / Maenaka, K. / Masai, H. / Kohda, D.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of the 3'-end recognition of a leading strand in stalled replication forks by PriA.
著者: Sasaki, K. / Ose, T. / Okamoto, N. / Maenaka, K. / Tanaka, T. / Masai, H. / Saito, M. / Shirai, T. / Kohda, D.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary crystallographic analysis of the N-terminal domain of PriA from Escherichia coli
著者: Sasaki, K. / Ose, T. / Tanaka, T. / Mizukoshi, T. / Ishigaki, T. / Maenaka, K. / Masai, H. / Kohda, D.
履歴
登録2005年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02019年3月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.type / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_genus / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.host_org_genus / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 2.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primosomal protein N'
B: Primosomal protein N'
C: Primosomal protein N'
D: Primosomal protein N'
E: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
G: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4338
ポリマ－49,4338
非ポリマー00
水00
1
A: Primosomal protein N'
B: Primosomal protein N'
E: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
F: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7164
ポリマ－24,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Primosomal protein N'
D: Primosomal protein N'
G: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7164
ポリマ－24,7164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.820, 110.820, 267.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質
Primosomal protein N' / ATP-dependent helicase PriA / Replication factor Y


分子量: 11776.790 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-105 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: priA, b3935, JW3906 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P17888, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*A)-3')


分子量: 581.456 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 12% PEG 6000, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2004年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→20 Å / Num. obs: 9099 / % possible obs: 93.1 %
反射 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rmerge(I) obs: 0.335 / Num. unique all: 1306 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→20 Å / 交差検証法: through / σ(F): 2.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 633 -RANDOM
Rwork0.26 ---
obs-9099 93.1 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.04 Å212.71 Å20 Å2
2--7.04 Å20 Å2
3----14.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.57 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.64 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3265 0 84 0 3349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 113 8 %
Rwork0.335 1306 -
obs-9099 89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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