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万見
- PDB-2d4g: Structure of YjcG protein, a putative 2'-5' RNA ligase from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d4g
タイトルStructure of YjcG protein, a putative 2'-5' RNA ligase from Bacillus subtilis
要素hypothetical protein BSU11850
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / beta barrel / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Putative phosphoesterase YjcG / : / 2'-5' RNA ligase superfamily / Cyclic Phosphodiesterase; Chain: A, / Cyclic phosphodiesterase / Cyclic phosphodiesterase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative phosphoesterase YjcG
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Li, D. / Liang, Y.H. / Su, X.D.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of B. subtilis YjcG characterizing the YjcG-like group of 2H phosphoesterase superfamily.
著者: Li, D. / Liu, C. / Liang, Y.H. / Li, L.F. / Su, X.D.
履歴
登録2005年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年11月27日Group: Database references
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein BSU11850
B: hypothetical protein BSU11850


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6542
ポリマ－39,6542
非ポリマー00
水4,396244
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.660, 73.930, 61.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-248-

HOH

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein BSU11850 / hypothetical protein YjcG


分子量: 19826.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET21-DEST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: O31629
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M Bis-tris, 24% PEG-MME2000, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.981, 0.97, 1.2
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月30日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9811
20.971
31.21
Reflection
ID数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)D res low (Å)% possible obs
1179810.0791.1352.35098.6
2140120.0651.1262.55098.9
3186960.080.8342.350100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.95509510.072.072
3.934.9597.710.0621.634
3.443.9398.210.0631.431
3.123.4498.710.0721.248
2.93.129910.0851.115
2.732.999.310.1030.942
2.592.7399.510.1170.811
2.482.5999.610.1360.766
2.382.4899.810.1550.693
2.32.3899.810.1570.642
5.385096.220.0511.231
4.275.3898.120.0531.284
3.734.2798.720.0541.215
3.393.7399.120.061.238
3.153.3999.420.0641.122
2.963.1599.620.0741.055
2.822.9699.920.0830.936
2.692.8299.920.1020.905
2.592.6999.120.1170.975
2.52.5998.520.1811.308
4.955010030.0611.315
3.934.9599.930.0581.155
3.443.9399.930.0641.081
3.123.4499.930.0720.895
2.93.1210030.0880.798
2.732.910030.1110.688
2.592.7310030.1290.654
2.482.5999.930.1520.616
2.382.4810030.1730.57
2.32.3899.930.1950.555
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 35918 / Num. obs: 33260 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.135
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible obs: 99.8 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Num. measured obs: 1818 / Χ2: 0.642 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.9816.37-10.23
13 wavelength20.972.99-6.31
13 wavelength300.79-4.07
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se31.2380.4230.4990.1860.762
2Se8.1340.5720.1350.2660.592
3Se19.3990.4440.3090.1530.662
4Se42.6310.1190.4670.1140.853
Phasing dmFOM : 0.63 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.6 / 反射: 11230 / Reflection acentric: 10679 / Reflection centric: 551
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-19.7130.870.880.7747841860
4.8-7.70.780.790.7215221408114
3.9-4.80.790.80.71897179998
3.4-3.90.720.720.61919183485
2.9-3.40.550.560.4633783245133
2.7-2.90.380.380.292036197561

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.03位相決定
RESOLVE2.03位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3196 8.9 %RANDOM
Rwork0.224 ---
all0.247 18236 --
obs0.235 17981 92.6 %-
溶媒の処理Bsol: 38.139 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 23.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.912 Å20 Å2-5.797 Å2
2--0.392 Å20 Å2
3----1.303 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2726 0 0 244 2970
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3mse.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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