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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d2n | ||||||
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タイトル | Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi | ||||||
![]() | (Giant hemoglobin, ...) x 4 | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / GIANT HEMOGLOBIN / SULFIDE BINDING / INVERTEBRATE / POGONOPHORA / OLIGOBRACHIA MASHIKOI / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi. 著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K. #1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of extracellular giant hemoglobin from pogonophoran Oligobrachia mashikoi. 著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 687.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 720.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
2 |
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単位格子 |
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要素
-Giant hemoglobin, ... , 4種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 15188.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15327.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 15621.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 14786.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 3種, 12分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/MMC.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/MMC.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 化合物 | ChemComp-OXY / #7: 化合物 | ChemComp-MMC / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 10000, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日 / 詳細: Rh-coated mirror |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal monochromater / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 11309 / Num. obs: 11309 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 20.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 1117 / Rsym value: 0.443 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.8829 Å2 / ksol: 0.330992 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rfactor Rfree error: 0.065 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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