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万見
- PDB-2d2m: Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless bea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d2m
タイトルStructure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi
要素(Giant hemoglobin, ...) x 4
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / giant hemoglobin / sulfide binding / invertebrate / pogonophora / oligobrachia mashikoi / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / response to hypoxia / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Globin, extracellular / Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B1 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit B2 / Extracellular giant hemoglobin major globin subunit A1
類似検索 - 構成要素
生物種Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Structure of an extracellular giant hemoglobin of the gutless beard worm Oligobrachia mashikoi.
著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2005
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of extracellular giant hemoglobin from pogonophoran Oligobrachia mashikoi.
著者: Numoto, N. / Nakagawa, T. / Kita, A. / Sasayama, Y. / Fukumori, Y. / Miki, K.
履歴
登録2005年9月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
B: Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain
C: Giant hemoglobin, B2(c) globin chain
D: Giant hemoglobin, B1(d) globin chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,51812
ポリマ－60,9244
非ポリマー2,5948
水23413
1
A: Giant hemoglobin, A1(b) globin chain
B: Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain
C: Giant hemoglobin, B2(c) globin chain
D: Giant hemoglobin, B1(d) globin chain
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)381,10672
ポリマ－365,54224
非ポリマー15,56448
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)111.498, 111.498, 276.835
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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Giant hemoglobin, ... , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Giant hemoglobin, A1(b) globin chain / HEMOGLOBIN CHAIN A1


分子量: 15188.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M419
#2: タンパク質 Giant hemoglobin, A2(a5) globin chain / HEMOGLOBIN CHAIN A2


分子量: 15327.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M413
#3: タンパク質 Giant hemoglobin, B2(c) globin chain / HEMOGLOBIN CHAIN B2


分子量: 15621.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M418
#4: タンパク質 Giant hemoglobin, B1(d) globin chain / HEMOGLOBIN CHAIN B1


分子量: 14786.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oligobrachia mashikoi (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q5KSB7

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非ポリマー , 3種, 21分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 10000, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月15日 / 詳細: Rh-coated mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromater / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 15821 / Num. obs: 15821 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 9.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 1557 / Rsym value: 0.444 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.85→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 3307054.39 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 779 5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all-15821 --
obs-15426 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.7641 Å2 / ksol: 0.352193 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.26 Å24.79 Å20 Å2
2--2.26 Å20 Å2
3----4.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4264 0 180 13 4457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.64
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it11.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it17.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it17.982
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it24.192.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.05 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 63 4.3 %
Rwork0.341 1416 -
obs-1479 94.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2hem_xplor_par9.txthem_xplor_top3.txt
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4o2_xplor_par.txto2_xplor_top.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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