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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2d1h | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ST1889 protein from thermoacidophilic archaeon Sulfolobus tokodaii | ||||||
要素 | 109aa long hypothetical transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / HELIX-TURN-HELIX / INTERMOLECULAR AND INTRAMOLECULAR S-S BONDS / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus tokodaii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Shinkai, A. / Sekine, S. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007 タイトル: The putative DNA-binding protein Sto12a from the thermoacidophilic archaeon Sulfolobus tokodaii contains intrachain and interchain disulfide bonds. 著者: Shinkai, A. / Sekine, S. / Urushibata, A. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2d1h.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2d1h.ent.gz | 40.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2d1h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2d1h_validation.pdf.gz | 432.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2d1h_full_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2d1h_validation.xml.gz | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2d1h_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Two monomers in the assymetric unit appear to form a functional dimer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12739.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: 7 / 遺伝子: ST1889 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q96ZE4, UniProt: F9VNN8*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % / 解説: The file contains Friedel pairs. |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: oil batch / 詳細: oil batch, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.974, 0.978432, 0.979458 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月21日 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 27893 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.992 % / Biso Wilson estimate: 29.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 31.7277 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.142 / Rsym value: 0.501 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→29.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1157982.98 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The file contains Friedel pairs.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.0202 Å2 / ksol: 0.357593 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→29.37 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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