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万見
- PDB-2d1f: Structure of Mycobacterium tuberculosis threonine synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d1f
タイトルStructure of Mycobacterium tuberculosis threonine synthase
要素Threonine synthase
キーワードLYASE / amino acid synthesis / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PLP
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonine synthase, bacterial/archaeal / Threonine synthase-like / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold ...Threonine synthase, bacterial/archaeal / Threonine synthase-like / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Threonine synthase / Threonine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Covarrubias, A.S. / Bergfors, T. / Mannerstedt, K. / Oscarson, S. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. / Hogbom, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural, biochemical, and in vivo investigations of the threonine synthase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Covarrubias, A.S. / Hogbom, M. / Bergfors, T. / Carroll, P. / Mannerstedt, K. / Oscarson, S. / Parish, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.
履歴
登録2005年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine synthase
B: Threonine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2084
ポリマ－74,7132
非ポリマー4942
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7430 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area25760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.964, 55.964, 368.378
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: PLP / End label comp-ID: PLP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 500 / Label seq-ID: 10

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - C
2BB - D

-
要素

#1: タンパク質 Threonine synthase


分子量: 37356.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P66902, UniProt: P9WG59*PLUS, threonine synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: NaAc, NaCl, PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 19700 / Num. obs: 19700 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.347 / % possible all: 56.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 34.378 / SU ML: 0.358 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25617 1047 5 %RANDOM
Rwork0.18739 ---
all0.19091 19700 --
obs0.19091 19700 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.928 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å21.47 Å20 Å2
2--2.94 Å20 Å2
3----4.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5084 0 30 54 5168
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225216
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.331.9737126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18224.667180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.75215802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6931524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023890
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22540
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.23572
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2192
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3621.53521
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63525562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94931877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4914.51564
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2557 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.410.5
medium thermal0.382
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 50 -
Rwork0.316 836 -
obs--53.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.139-1.90090.2784.45520.081915.51670.16040.60210.278-1.0402-0.0530.437-1.9003-1.1206-0.10740.86970.1976-0.00890.19970.04650.1239-10.16756.155-19.929
22.1948-0.3677-0.13872.99771.55166.65720.16560.2409-0.0957-0.10170.138-0.09530.63280.6005-0.30360.23870.2085-0.07350.1169-0.0913-0.073-2.55733.394-12.529
38.2687-1.2773-2.60332.69110.043310.31960.043-1.1289-0.00330.68850.02610.73010.6284-0.9549-0.06910.4605-0.10860.10710.47-0.05160.1549-18.29336.42218.99
41.72770.4326-0.26752.63011.81136.82510.2833-0.49180.1055-0.00680.2652-0.0653-0.58351.0902-0.54850.1772-0.05740.10330.3766-0.1764-0.04851.60551.84513.152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA85 - 16485 - 164
2X-RAY DIFFRACTION1BB339 - 358339 - 358
3X-RAY DIFFRACTION2AA10 - 8410 - 84
4X-RAY DIFFRACTION2AA165 - 338165 - 338
5X-RAY DIFFRACTION3BB85 - 16485 - 164
6X-RAY DIFFRACTION3AA339 - 358339 - 358
7X-RAY DIFFRACTION4BB10 - 8410 - 84
8X-RAY DIFFRACTION4BB165 - 338165 - 338

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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