PDB-2d1f: Structure of Mycobacterium tuberculosis threonine synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2d1f

タイトル

Structure of Mycobacterium tuberculosis threonine synthase

要素

Threonine synthase

キーワード

LYASE / amino acid synthesis / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PLP

機能・相同性

機能・相同性情報

threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Covarrubias, A.S. / Bergfors, T. / Mannerstedt, K. / Oscarson, S. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L. / Hogbom, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural, biochemical, and in vivo investigations of the threonine synthase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Covarrubias, A.S. / Hogbom, M. / Bergfors, T. / Carroll, P. / Mannerstedt, K. / Oscarson, S. / Parish, T. / Jones, T.A. / Mowbray, S.L.

履歴

登録	2005年8月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年9月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2d1f.cif.gz	131.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2d1f.ent.gz	109.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2d1f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2d1f_validation.pdf.gz	459.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2d1f_full_validation.pdf.gz	473.9 KB	表示
XML形式データ	2d1f_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	2d1f_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/2d1f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2zsj-1 3pvz-1 1uim-d 3npf-d 6cgq-1 7l5s-d 2zsj-2 3ojs-d 3pvq-d 6fa9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Threonine synthase

B: Threonine synthase

ヘテロ分子

75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.964, 55.964, 368.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLN / End label comp-ID: PLP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 500 / Label seq-ID: 10

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A - C
2	B	B - D

#1: タンパク質	Threonine synthase 分子量: 37356.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P66902, UniProt: P9WG59*PLUS, threonine synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: NaAc, NaCl, PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月3日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 19700 / Num. obs: 19700 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.347 / % possible all: 56.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 34.378 / SU ML: 0.358 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25617	1047	5 %	RANDOM
R_work	0.18739	-	-	-
all	0.19091	19700	-	-
obs	0.19091	19700	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.928 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.94 Å²	1.47 Å²	0 Å²
2-	-	2.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5084	0	30	54	5168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	5216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.33	1.973	7126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.004	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.182	24.667	180
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.752	15	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.693	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.362	1.5	3521
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.635	2	5562
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.949	3	1877
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.491	4.5	1564

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2557 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.41	0.5
medium thermal	0.38	2

LS精密化シェル

解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.384	50	-
R_work	0.316	836	-
obs	-	-	53.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.139	-1.9009	0.278	4.4552	0.0819	15.5167	0.1604	0.6021	0.278	-1.0402	-0.053	0.437	-1.9003	-1.1206	-0.1074	0.8697	0.1976	-0.0089	0.1997	0.0465	0.1239	-10.167	56.155	-19.929
2	2.1948	-0.3677	-0.1387	2.9977	1.5516	6.6572	0.1656	0.2409	-0.0957	-0.1017	0.138	-0.0953	0.6328	0.6005	-0.3036	0.2387	0.2085	-0.0735	0.1169	-0.0913	-0.073	-2.557	33.394	-12.529
3	8.2687	-1.2773	-2.6033	2.6911	0.0433	10.3196	0.043	-1.1289	-0.0033	0.6885	0.0261	0.7301	0.6284	-0.9549	-0.0691	0.4605	-0.1086	0.1071	0.47	-0.0516	0.1549	-18.293	36.422	18.99
4	1.7277	0.4326	-0.2675	2.6301	1.8113	6.8251	0.2833	-0.4918	0.1055	-0.0068	0.2652	-0.0653	-0.5835	1.0902	-0.5485	0.1772	-0.0574	0.1033	0.3766	-0.1764	-0.0485	1.605	51.845	13.152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	85 - 164	85 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	339 - 358	339 - 358
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 84	10 - 84
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	165 - 338	165 - 338
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	85 - 164	85 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	339 - 358	339 - 358
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 84	10 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	165 - 338	165 - 338

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関連情報:EMDBヘッダ

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