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- PDB-2d0j: Crystal Structure of Human GlcAT-S Apo Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2d0j
タイトルCrystal Structure of Human GlcAT-S Apo Form
要素Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / Rossmann-like fold / glucuronyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase / galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase activity / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / chondroitin sulfate proteoglycan biosynthetic process / carbohydrate biosynthetic process / protein glycosylation / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 43 / Glycosyltransferase family 43 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shiba, T. / Kakuda, S. / Ishiguro, M. / Oka, S. / Kawasaki, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of GlcAT-S, a human glucuronyltransferase, involved in the biosynthesis of the HNK-1 carbohydrate epitope
著者: Shiba, T. / Kakuda, S. / Ishiguro, M. / Morita, I. / Oka, S. / Kawasaki, T. / Wakatsuki, S. / Kato, R.
履歴
登録2005年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
B: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
C: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
D: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9374
ポリマ－112,9374
非ポリマー00
水8,323462
1
A: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
B: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4692
ポリマ－56,4692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
2
C: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2
D: Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4692
ポリマ－56,4692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.402, 122.591, 92.985
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase 2 / Beta-1 / 3-glucuronyltransferase 2 / Glucuronosyltransferase-S / GlcAT-S / UDP- ...Beta-1 / 3-glucuronyltransferase 2 / Glucuronosyltransferase-S / GlcAT-S / UDP-glucuronosyltransferase-S / GlcAT-D


分子量: 28234.346 Da / 分子数: 4 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: Q9NPZ5, galactosylgalactosylxylosylprotein 3-beta-glucuronosyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG5000 MME, di-sodium hydrogen phosphate, cesium chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 79510 / Num. obs: 76289 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1V82

1v82


解像度: 2→40 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2775 3837 -RANDOM
Rwork0.2375 ---
all0.2395 79510 --
obs0.2395 76048 96 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7811 0 0 462 8273
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00547
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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