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万見
- PDB-2czt: lipocalin-type prostaglandin D synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2czt
タイトルlipocalin-type prostaglandin D synthase
要素Prostaglandin-H2 D-isomerase
キーワードISOMERASE / LIPOCALIN / C2221 native / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / response to glucocorticoid / rough endoplasmic reticulum ...prostaglandin-D synthase / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / response to glucocorticoid / rough endoplasmic reticulum / fatty acid binding / gene expression / nuclear membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Prostaglandin-H2 D-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kumasaka, T. / Irikura, D. / Ago, H. / Aritake, K. / Yamamoto, M. / Inoue, T. / Miyano, M. / Urade, Y. / Hayaishi, O. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis of the catalytic mechanism operating in open-closed conformers of lipocalin type prostaglandin D synthase.
著者: Kumasaka, T. / Aritake, K. / Ago, H. / Irikura, D. / Tsurumura, T. / Yamamoto, M. / Miyano, M. / Urade, Y. / Hayaishi, O.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2003
タイトル: Cloning, expression, crystallization, and preliminary X-ray analysis of recombinant mouse lipocalin-type prostaglandin D synthase, a somnogen-producing enzyme
著者: Irikura, D. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Ago, H. / Miyano, M. / Kubata, K.B. / Sakai, H. / Hayaishi, O. / Urade, Y.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Lack of tactile pain (allodynia) in lipocalin-type prostaglandin D synthase-deficient mice
著者: Eguchi, N. / Minami, T. / Shirafuji, N. / Kanaoka, Y. / Tanaka, T. / Nagata, A. / Yoshida, N. / Urade, Y. / Ito, S. / Hayaishi, O.
履歴
登録2005年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prostaglandin-H2 D-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6181
ポリマ－18,6181
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.3, 67.1, 104.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin-H2 D-isomerase / Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-H2 ...Lipocalin-type prostaglandin-D synthase / Glutathione-independent PGD synthetase / Prostaglandin-H2 D-isomerase / PGD2 synthase / PTGDS / PGDS


分子量: 18617.859 Da / 分子数: 1 / 変異: C65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O09114, prostaglandin-D synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium citrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45XU / 波長: 1.01 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.01 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 11368
反射 シェル解像度: 2→10 Å / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 6.452 / SU ML: 0.181 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 850 9.8 %RANDOM
Rwork0.242 ---
all0.245 8773 --
obs0.245 7821 77.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.411 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å20 Å2
2--0.84 Å20 Å2
3---0.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1223 0 0 32 1255
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211252
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3851.9531690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8383153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.39115228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02943
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2950.3523
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.5117
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4410.337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.6430.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8451.5770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76821237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4283482
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.4614.5453
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.314 48
Rwork0.266 490
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.369 Å / Origin y: 14.63 Å / Origin z: 10.187 Å
111213212223313233
T0.094 Å2-0.0279 Å20.0052 Å2-0.2099 Å20.0963 Å2--0.0478 Å2
L5.6119 °20.1364 °2-0.4168 °2-1.7883 °20.1244 °2--5.3268 °2
S0.0455 Å °-0.6594 Å °-0.4957 Å °0.314 Å °-0.0103 Å °0.0883 Å °0.346 Å °-0.1142 Å °-0.0352 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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