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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cy4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of phosphotyrosine binding (PTB) domain of epidermal growth factor receptor pathway substrate-8 (EPS8) related protein 1 from Mus musculus (form-1 crystal) | ||||||
要素 | epidermal growth factor receptor pathway substrate 8-like protein 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / structural genomics (構造ゲノミクス) / signal transduction (シグナル伝達) / phosphorylation (リン酸化) / PTB domain / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of ruffle assembly / Rac protein signal transduction / Rho protein signal transduction / ruffle / ruffle membrane / actin filament binding / actin binding / vesicle / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Mizohata, E. / Hamana, H. / Morita, S. / Kinoshita, Y. / Nagano, K. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of phosphotyrosine binding (PTB) domain of epidermal growth factor receptor pathway substrate-8 (EPS8) related protein 1 from Mus musculus (form-1 crystal) 著者: Mizohata, E. / Hamana, H. / Morita, S. / Kinoshita, Y. / Nagano, K. / Uda, H. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cy4.cif.gz | 36.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cy4.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cy4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/2cy4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15881.384 Da / 分子数: 1 / 断片: phosphotyrosine binding (PTB) domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: cell free synthesis using S30 extract from E. coli / プラスミド: PK030114-32 / 参照: GenBank: 18874094, UniProt: Q8R5F8*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG400, HEPES, Tris, calcium chloride, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 14643 / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.94→24.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 722475 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.7066 Å2 / ksol: 0.364266 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→24.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.94→2.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 6
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