PDB-2cwo: Crystal structure of RNA silencing suppressor p21 from Beet Yello...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cwo

タイトル

Crystal structure of RNA silencing suppressor p21 from Beet Yellows Virus

要素

RNA silencing suppressor

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Octamer / ring / head-to-head / tail-to-tail / all alpha helical / RNA-binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Beet yellows virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Ye, K. / Patel, D.J.

引用

ジャーナル: STRUCTURE / 年: 2005
タイトル: RNA Silencing Suppressor p21 of Beet Yellows Virus Forms an RNA Binding Octameric Ring Structure
著者: Ye, K. / Patel, D.J.

履歴

登録	2005年6月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cwo.cif.gz	139 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cwo.ent.gz	111.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cwo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cwo_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cwo_full_validation.pdf.gz	497.5 KB	表示
XML形式データ	2cwo_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	2cwo_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/2cwo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5721 5ucx-1 6iu0-1 3zbj-d 5ucx-2 5ovq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA silencing suppressor

B: RNA silencing suppressor

C: RNA silencing suppressor

D: RNA silencing suppressor

91 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA silencing suppressor

B: RNA silencing suppressor

C: RNA silencing suppressor

D: RNA silencing suppressor

A: RNA silencing suppressor

B: RNA silencing suppressor

C: RNA silencing suppressor

D: RNA silencing suppressor

登録者が定義した集合体
182 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	199.633, 199.633, 56.122
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	VAL	VAL	A	A	1 - 93	21 - 113
2	1	MET	MET	VAL	VAL	B	B	1 - 93	21 - 113
3	1	MET	MET	VAL	VAL	C	C	1 - 93	21 - 113
4	1	MET	MET	VAL	VAL	D	D	1 - 93	21 - 113
1	2	VAL	VAL	ILE	ILE	A	A	94 - 177	114 - 197
2	2	VAL	VAL	ILE	ILE	B	B	94 - 177	114 - 197
3	2	VAL	VAL	ILE	ILE	C	C	94 - 177	114 - 197
4	2	VAL	VAL	ILE	ILE	D	D	94 - 177	114 - 197

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assemble is a octamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the operation: Y,X,2-Z

#1: タンパク質	RNA silencing suppressor / p21 分子量: 22761.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Beet yellows virus (ウイルス) / 属: Closterovirus / 遺伝子: p21 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08545

#1: タンパク質

RNA silencing suppressor / p21

分子量: 22761.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Beet yellows virus (ウイルス) / 属: Closterovirus / 遺伝子: p21 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q08545

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M K/Na Tartrate, 100mM Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→20 Å / Num. all: 19491 / Num. obs: 19263 / % possible obs: 98.82 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.6
反射シェル	解像度: 3.3→3.42 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1912 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 51.103 / SU ML: 0.366 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.448 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24443	943	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21004	-	-	-
all	0.21168	18442	-	-
obs	0.21168	18224	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 132.327 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.79 Å²	-1.4 Å²	0 Å²
2-	-	-2.79 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5388	0	0	0	5388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.812	1.973	7304
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.244	5	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.517	23.385	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.368	15	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.655	15	52
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	844
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3936
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.2	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.33	0.2	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.374	0.2	70
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.071	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.428	1.5	3351
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.764	2	5296
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.439	3	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.501	4.5	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	669	tight positional	0.06	0.05
1	2	B	669	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	669	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	669	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	678	tight positional	0.07	0.05
2	2	B	678	tight positional	0.05	0.05
2	3	C	678	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	678	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	669	tight thermal	0.11	0.5
1	2	B	669	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	669	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	669	tight thermal	0.07	0.5
2	1	A	678	tight thermal	0.14	0.5
2	2	B	678	tight thermal	0.09	0.5
2	3	C	678	tight thermal	0.1	0.5
2	4	D	678	tight thermal	0.08	0.5

LS精密化シェル

解像度: 3.3→3.383 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	74	-
R_work	0.308	1233	-
obs	-	-	95.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.7852	4.1544	2.4255	6.7362	1.6191	5.5217	-0.257	1.3202	-0.2471	-0.3503	0.4754	0.4784	0.239	-0.2269	-0.2184	-0.8695	0.0186	0.056	-0.5722	0.0727	-0.4452	46.006	104.538	22.276
2	16.881	3.9113	10.2134	5.4542	4.2006	12.3529	-0.5474	-0.6627	1.4244	-0.3376	0.202	1.2148	-0.7901	-1.2043	0.3454	-0.7395	-0.0434	0.0011	-0.229	0.1368	0.3044	23.833	107.294	23.16
3	3.5851	1.6301	-0.6582	14.773	-12.0932	11.9323	-0.677	-0.0912	-0.633	-3.3799	-0.6136	-1.1919	2.8841	0.7294	1.2906	1.2833	0.5974	0.3283	-0.1095	0.0233	0.2925	-0.769	41.103	13.926
4	4.4361	2.7467	-2.1898	19.903	-10.1519	10.2597	0.2703	0.2318	0.5093	0.6172	0.0837	1.2502	-0.6909	-0.5749	-0.354	-0.2604	0.2646	-0.1098	-0.3402	-0.0168	0.1439	-11.741	36.972	32.77
5	8.5473	-3.3872	1.6405	2.1729	-2.0546	10.4605	-0.1483	-0.2762	0.0653	0.1772	0.233	0.1836	-0.0546	-0.117	-0.0846	-1.0327	0.0237	0.0841	-0.9608	-0.0934	-0.422	50.984	111.83	50.615
6	7.5836	3.0144	-0.5202	15.4425	1.547	4.0321	-0.1329	1.0991	-0.3925	-1.1005	0.0035	-0.9892	0.0257	0.6694	0.1294	-0.7781	-0.1634	0.062	0.2506	0.1147	0.1035	17.71	83.116	7.158
7	10.468	2.1322	-3.6004	8.778	0.993	8.166	0.2217	0.0321	-0.0488	-0.5328	-0.2128	-0.5333	0.1984	0.5245	-0.0088	-0.8545	-0.0208	-0.1725	-0.4875	0.0677	-0.3157	-3.591	70.348	14.859
8	11.7404	-7.3709	10.0874	8.9001	-8.6077	19.056	0.8478	2.3605	0.8846	-1.0285	-2.1531	-0.9731	0.6902	2.7509	1.3052	-0.4185	0.2924	0.1596	0.149	0.3298	0.0133	8.059	16.975	43.258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 93	21 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 93	21 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 93	21 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 93	21 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	94 - 177	114 - 197
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	94 - 177	114 - 197
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	94 - 177	114 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	94 - 177	114 - 197

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