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- PDB-2csd: Crystal structure of Topoisomerase V (61 kDa fragment) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2csd
タイトルCrystal structure of Topoisomerase V (61 kDa fragment)
要素Topoisomerase V
キーワードISOMERASE / topoisomerase IB / topoisomerase V / helix-turn-helix / helix-hairpin-helix / HhH motif / three helix bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


isomerase activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #950 / DNA topoisomerase V, catalytic domain superfamily / : / : / : / Topoisomerase V, second (HhH)2 tandem domain / SAM domain-like / Topoisomerase V, HHH domain / Winged helix-turn-helix DNA-binding / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helix non-globular / Special / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Topoisomerase V
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Taneja, B. / Patel, A. / Slesarev, A. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Structure of the N-terminal fragment of topoisomerase V reveals a new family of topoisomerases
著者: Taneja, B. / Patel, A. / Slesarev, A. / Mondragon, A.
履歴
登録2005年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Topoisomerase V
B: Topoisomerase V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0062
ポリマ－120,0062
非ポリマー00
水00
1
A: Topoisomerase V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0031
ポリマ－60,0031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Topoisomerase V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0031
ポリマ－60,0031
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.500, 86.400, 175.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 282 / Label seq-ID: 3 - 282

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Topoisomerase V / Top61


分子量: 60003.016 Da / 分子数: 2 / 断片: N-term 61 kDa fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: GenBank: 20094872, UniProt: Q977W1*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: sodium acetate, sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日
放射モノクロメーター: Silicon mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→28.8 Å / Num. all: 25958 / Num. obs: 25958 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
CNS精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→28.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / SU B: 22.538 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.533 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30787 1319 5.1 %RANDOM
Rwork0.23618 ---
obs0.23973 24591 98.9 %-
all-24588 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8390 0 0 0 8390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0218522
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1111.97311494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.82651030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.47422.768448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.548151594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.32915118
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.23415
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.25807
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3191.55305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57828278
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.65733604
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.24.53216
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1120tight positional0.030.05
1204medium positional0.650.5
1120tight thermal0.280.5
1204medium thermal0.312
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.412 90 -
Rwork0.307 1765 -
obs--98.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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