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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2crm | ||||||
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タイトル | Solution structure of the forth FNIII domain of human | ||||||
要素 | Fibronectin type-III domain containing protein 3a | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / FIBRONECTIN TYPE III DOMAIN / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Sertoli cell development / fertilization / vesicle membrane / spermatid development / acrosomal vesicle / cell-cell adhesion / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / RNA binding ...Sertoli cell development / fertilization / vesicle membrane / spermatid development / acrosomal vesicle / cell-cell adhesion / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Golgi apparatus / RNA binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Izumi, K. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Solution structure of the forth FNIII domain of human 著者: Izumi, K. / Hayashi, F. / Yoshida, M. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2crm.cif.gz | 686.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2crm.ent.gz | 574.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2crm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/2crm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12734.272 Da / 分子数: 1 / 断片: fn3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: FNDC3, KIAA0970 / プラスミド: P040628-02 / 参照: UniProt: Q9Y2H6 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.79mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: JEOL ECA / 製造業者: JEOL / モデル: ECA / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |