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- PDB-2cmh: Crystal Structure of Spermidine Synthase from Helicobacter Pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cmh
タイトルCrystal Structure of Spermidine Synthase from Helicobacter Pylori
要素SPERMIDINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / PUTRESCINE AMINOPROPYLTRANSFERASE / SPERMIDINE BIOSYNTHESIS / SPEE / SPERMIDINE SYNTHASE / HELICOBACTER PYLORI / POLYAMINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 ...Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyamine aminopropyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sun, Y.-J. / Lu, P.-K.
引用ジャーナル: Proteins: Struct., Funct., Bioinf. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Helicobacter Pylori Spermidine Synthase: A Rossmann-Like Fold with a Distinct Active Site
著者: Lu, P.-K. / Tsai, J.-Y. / Chien, H.Y. / Huang, H. / Chu, C.-H. / Sun, Y.-J.
履歴
登録2006年5月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SPERMIDINE SYNTHASE
B: SPERMIDINE SYNTHASE
C: SPERMIDINE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7573
ポリマ－91,7573
非ポリマー00
水8,305461
1
B: SPERMIDINE SYNTHASE
C: SPERMIDINE SYNTHASE

B: SPERMIDINE SYNTHASE
C: SPERMIDINE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3424
ポリマ－122,3424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9030 Å2
ΔGint-64.9 kcal/mol
Surface area42970 Å2
手法PISA
2
A: SPERMIDINE SYNTHASE

A: SPERMIDINE SYNTHASE
B: SPERMIDINE SYNTHASE
C: SPERMIDINE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3424
ポリマ－122,3424
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.526, 126.468, 143.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2023-

HOH

21C-2107-

HOH

31C-2121-

HOH

詳細THIS PROTEIN WAS DETECTED AS DIMER/TETRAMER WITH SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY. THE TETRAMERIC STATES WERE OBSERVED IN 2CMH AS TYPE I TETRAMER (BCB'C'/BIOMOLECULE 1) AND TYPE II TETRAMER (BCAA'/BIOMOLECULE 2).

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要素

#1: タンパク質 SPERMIDINE SYNTHASE / PUTRESCINE AMINOPROPYLTRANSFERASE / SPDSY


分子量: 30585.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / 株: 26695 / プラスミド: PQE-30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: O25503, spermidine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 40302 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 45.89
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 10.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→27 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 20549.92 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1932 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.221 38619 96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 88.6019 Å2 / ksol: 0.440619 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 10 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.78 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----3.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6452 0 0 461 6913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 292 4.9 %
Rwork0.219 5717 -
obs--91 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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