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- PDB-2cld: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A FLUORESCENT FORM OF H-RAS P21 IN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cld
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A FLUORESCENT FORM OF H-RAS P21 IN COMPLEX WITH GDP (2)
要素GTPASE HRAS
キーワードNUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / GUANINE NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / PALMITATE / CAGED GTP / PRENYLATION / FLUORESCENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Signaling by RAS GAP mutants ...phospholipase C activator activity / GTPase complex / oncogene-induced cell senescence / positive regulation of miRNA metabolic process / positive regulation of ruffle assembly / T-helper 1 type immune response / positive regulation of wound healing / defense response to protozoan / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / SOS-mediated signalling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / Signalling to RAS / adipose tissue development / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / SHC-related events triggered by IGF1R / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Schwann cell development / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Erythropoietin activates RAS / Signaling by FGFR4 in disease / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / protein-membrane adaptor activity / Signaling by FGFR3 in disease / p38MAPK events / FRS-mediated FGFR1 signaling / Tie2 Signaling / Signaling by FGFR2 in disease / EPHB-mediated forward signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / myelination / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / Signaling by FGFR1 in disease / NCAM signaling for neurite out-growth / CD209 (DC-SIGN) signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / Downstream signal transduction / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / intrinsic apoptotic signaling pathway / SHC1 events in ERBB2 signaling / Insulin receptor signalling cascade / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / VEGFR2 mediated cell proliferation / animal organ morphogenesis / positive regulation of epithelial cell proliferation / small monomeric GTPase / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / RAF activation / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / cellular response to gamma radiation / Signaling by SCF-KIT / Constitutive Signaling by EGFRvIII / MAP2K and MAPK activation / Signaling by ERBB2 ECD mutants / Signaling by ERBB2 KD Mutants / RAS processing / Regulation of RAS by GAPs / Negative regulation of MAPK pathway / positive regulation of type II interferon production / endocytosis / positive regulation of fibroblast proliferation / chemotaxis / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular senescence / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / insulin receptor signaling pathway / DAP12 signaling / MAPK cascade / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / G protein activity
類似検索 - 分子機能
Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...Small GTPase, Ras-type / Small GTPase Ras domain profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTPase HRas
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Klink, B.U. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2006
タイトル: A Newly Designed Microspectrofluorometer for Kinetic Studies on Protein Crystals in Combination with X-Ray Diffraction
著者: Klink, B.U. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2006年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年4月22日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: GTPASE HRAS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3273
ポリマ－18,8591
非ポリマー4682
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.410, 69.410, 34.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
モデル数2

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要素

#1: タンパク質 GTPASE HRAS / H-RAS P21 / TRANSFORMING PROTEIN P21 / P21RAS / H-RAS-1 / C-H-RAS


分子量: 18859.127 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-166 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AN IANBD FLUOROPHORE WAS ATTACHED TO CYS-32 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PTAC RAS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P01112
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RAS PROTEINS BIND GDP/GTP AND POSSESS INTRINSIC GTPASE ACTIVITY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, TYR ...RAS PROTEINS BIND GDP/GTP AND POSSESS INTRINSIC GTPASE ACTIVITY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, TYR 32 TO CYS ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN X, CYS 118 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PROTEIN SOLUTION: 13.35 MG/ML PROTEIN, 64 MM TRIS PH 7.6, 20 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0,1 MM SODIUM AZIDE; RESERVOIR SOLUTION: 100 MM HEPES PH 7.2, 200 MM MAGNESIUM ACETATE, 16% PEG ...詳細: PROTEIN SOLUTION: 13.35 MG/ML PROTEIN, 64 MM TRIS PH 7.6, 20 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 10 MM DTT, 0,1 MM SODIUM AZIDE; RESERVOIR SOLUTION: 100 MM HEPES PH 7.2, 200 MM MAGNESIUM ACETATE, 16% PEG 8000 (FRESHLY PREPARED) MIXTURE OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→69.34 Å / Num. obs: 47013 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.09 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.22→1.25 Å / 冗長度: 4.21 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 55.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4Q21

4q21


解像度: 1.22→69.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.111 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE WAS REFINED USING TWO ALTERNATIVE CONFORMATIONS FOR THE WHOLE PROTEIN CHAIN. RESIDUES 30-32 ARE DISORDERED. THE CLOSE CONTACTS ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE STRUCTURE WAS REFINED USING TWO ALTERNATIVE CONFORMATIONS FOR THE WHOLE PROTEIN CHAIN. RESIDUES 30-32 ARE DISORDERED. THE CLOSE CONTACTS WITH WATER MOLECULES ARE CAUSED BY THE TREATMENT OF THE WHOLE PROTEIN CHAIN WITH TWO ALTERNATIVE CONFORMATIONS, BUT ONLY ONE POSITION PER WATER MOLECULE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2294 4.9 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.15 44702 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→69.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1294 0 29 199 1522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5341.9843622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81335574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4375322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.22124.242132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01715472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.411522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2969
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2460.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2890.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1930.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0891.52107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18322602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9331237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6224.51020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.25 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.345 44
Rwork0.314 1993
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1739-0.7759-0.28241.6661-0.03310.640.05550.11770.0959-0.0813-0.0319-0.1041-0.0038-0.0184-0.02350.00140.0047-0.0343-0.00680.0144-0.044418.94855.359-2.274
21.84911.2948-0.11994.53943.56199.85080.00830.15140.5253-0.39650.1338-0.3191-0.53590.047-0.1420.02140.00640.0184-0.04850.04020.05321.22468.161-2.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X1 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2X168
3X-RAY DIFFRACTION2X180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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