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- PDB-2clb: The structure of the DPS-like protein from Sulfolobus solfataricu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2clb
タイトルThe structure of the DPS-like protein from Sulfolobus solfataricus reveals a bacterioferritin-like di-metal binding site within a Dps- like dodecameric assembly
要素DPS-LIKE PROTEIN
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / DI-IRON CARBOXYLATE / HYPOTHETICAL PROTEIN / BACTERIOFERRITIN / HYDROGEN PEROXIDE / DPS / ARCHAEA / DPS- LIKE / OXIDATIVE STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / nucleoid / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion binding / heme binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DPS-like protein, ferritin-like diiron-binding domain / DNA-binding protein from starved cells-like / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gauss, G.H. / Benas, P. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Douglas, T. / Lawrence, C.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure of the Dps-Like Protein from Sulfolobus Solfataricus Reveals a Bacterioferritin-Like Dimetal Binding Site within a Dps-Like Dodecameric Assembly.
著者: Gauss, G.H. / Benas, P. / Wiedenheft, B. / Young, M. / Douglas, T. / Lawrence, C.M.
履歴
登録2006年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DPS-LIKE PROTEIN
B: DPS-LIKE PROTEIN
C: DPS-LIKE PROTEIN
D: DPS-LIKE PROTEIN
M: DPS-LIKE PROTEIN
N: DPS-LIKE PROTEIN
O: DPS-LIKE PROTEIN
P: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,25324
ポリマ－176,2838
非ポリマー97016
水2,180121
1
A: DPS-LIKE PROTEIN
B: DPS-LIKE PROTEIN
C: DPS-LIKE PROTEIN
D: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子

A: DPS-LIKE PROTEIN
B: DPS-LIKE PROTEIN
C: DPS-LIKE PROTEIN
D: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子

A: DPS-LIKE PROTEIN
B: DPS-LIKE PROTEIN
C: DPS-LIKE PROTEIN
D: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,88036
ポリマ－264,42512
非ポリマー1,45524
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
crystal symmetry operation11_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
手法PQS
2
M: DPS-LIKE PROTEIN
N: DPS-LIKE PROTEIN
O: DPS-LIKE PROTEIN
P: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子

M: DPS-LIKE PROTEIN
N: DPS-LIKE PROTEIN
O: DPS-LIKE PROTEIN
P: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子

M: DPS-LIKE PROTEIN
N: DPS-LIKE PROTEIN
O: DPS-LIKE PROTEIN
P: DPS-LIKE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,88036
ポリマ－264,42512
非ポリマー1,45524
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)212.928, 212.928, 212.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.42017, -0.45935, 0.7826), (-0.21237, 0.88824, 0.40733), (-0.88224, 0.00495, -0.47077)25.15704, -35.22717, 280.72784
2given(0.88651, -0.41435, 0.20597), (-0.01195, -0.46548, -0.88498), (0.46256, 0.78207, -0.41761)39.71066, 376.47821, 75.71466
3given(0.88244, -0.01272, 0.47026), (-0.42163, -0.46476, 0.77861), (0.20865, -0.88535, -0.41548)-66.47775, 133.43034, 355.83487
4given(-0.45927, -0.42022, -0.78262), (0.88829, -0.21248, -0.40719), (0.00482, -0.88219, 0.47086)231.34637, 131.76146, 202.64969
5given(-0.41452, 0.88664, -0.20505), (-0.465, -0.01267, 0.88522), (0.78227, 0.46229, 0.41754)25.19823, 116.82986, -18.39075
6given(-0.01304, 0.88224, -0.47061), (-0.46474, -0.42207, -0.77838), (-0.88535, 0.20857, 0.41552)11.13016, 338.38898, 187.0293
7given(0.00054, 1, -0.00022), (1, -0.00054, -0.00048), (-0.00048, -0.00021, -1)-53.25972, 53.36218, 266.22922

-
要素

#1: タンパク質
DPS-LIKE PROTEIN


分子量: 22035.432 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENOMETHIONINE PROTEIN / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 株: P2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P95855
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.5 M LICL 9 % PEG 6000 0.01 CACL2 0.05 TRIS-CL PH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.28237
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28237 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 56599 / % possible obs: 90.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 61

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.093 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.554 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2891 5.1 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.2 53568 90.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10963 0 16 121 11100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02211179
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8991.98515091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.737324044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.61351339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.53824.212539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.584152102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7961580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.21651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0212224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1970.22699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1660.29825
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.25462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.25804
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2440.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.96638780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.088410751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.93665268
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7994340
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.292 140
Rwork0.26 2591
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.55091.2542-0.7373.1063-0.42481.73670.0424-0.2714-0.09160.2807-0.1281-0.0072-0.0718-0.06040.08570.2260.0463-0.03590.06840.07570.052758.4491148.4056189.4072
24.04210.6377-0.10051.30010.08032.1712-0.0650.0595-0.39350.0153-0.0236-0.32170.10720.00310.08860.12410.0932-0.07010.040.07120.232469.3507134.281171.634
34.1843-0.8799-0.61742.1431-0.18841.86950.1025-0.2837-0.12130.3071-0.0994-0.0445-0.09070.1043-0.00310.2212-0.1114-0.16620.040.00950.019973.2163175.6332180.3127
43.0258-0.62591.42522.1285-0.7112.7582-0.06510.0704-0.10250.0246-0.0562-0.3076-0.11710.10040.1213-0.02580.01240.0438-0.0032-0.08380.157780.8097161.2897140.959
52.94291.14450.33173.26860.78661.7483-0.10540.2970.0299-0.21520.03630.10720.05170.04670.06910.070.0641-0.06710.22990.03570.055495.1486111.657976.7619
61.24320.634-0.09464.1216-0.20422.3134-0.02190.02530.30450.0671-0.06120.37460.0141-0.1040.08310.04120.1078-0.06660.1270.0620.220980.913122.400594.4953
72.0185-0.88540.21914.21870.73211.9064-0.08650.32170.0395-0.27740.12150.1038-0.11410.094-0.0350.0359-0.1174-0.01210.22220.16570.0245122.3736126.439685.8752
82.1588-0.72560.68063.1544-1.41582.7499-0.080.00110.30360.0793-0.03630.0758-0.11170.09590.1162-0.01690.01020.0842-0.0316-0.03910.165108.046134.0364125.2127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 174
2X-RAY DIFFRACTION2B8 - 174
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 174
4X-RAY DIFFRACTION4D7 - 174
5X-RAY DIFFRACTION5M6 - 174
6X-RAY DIFFRACTION6N7 - 174
7X-RAY DIFFRACTION7O6 - 174
8X-RAY DIFFRACTION8P7 - 174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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