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- PDB-2ckn: NMR Structure of the First Ig Module of mouse FGFR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ckn
タイトルNMR Structure of the First Ig Module of mouse FGFR1
要素BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1
キーワードTRANSFERASE / KINASE / HEPARIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / ALTERNATICE SPLICING / ATP-BINDING / GLYCOPROTEIN / RECEPTOR / TYROSINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / regulation of phosphorus metabolic process / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / Signal transduction by L1 / FRS-mediated FGFR1 signaling ...FGFR1c and Klotho ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / regulation of phosphorus metabolic process / FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / Signal transduction by L1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / PI3K Cascade / Negative regulation of FGFR1 signaling / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / orbitofrontal cortex development / negative regulation of fibroblast growth factor production / positive regulation of mitotic cell cycle DNA replication / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / diphosphate metabolic process / regulation of phosphate transport / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / vitamin D3 metabolic process / cementum mineralization / positive regulation of MAPKKK cascade by fibroblast growth factor receptor signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / PIP3 activates AKT signaling / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / response to sodium phosphate / fibroblast growth factor receptor signaling pathway involved in orbitofrontal cortex development / ventricular zone neuroblast division / receptor-receptor interaction / mesenchymal cell differentiation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / auditory receptor cell development / ear development / positive regulation of parathyroid hormone secretion / mesenchymal cell proliferation / paraxial mesoderm development / regulation of postsynaptic density assembly / fibroblast growth factor receptor activity / organ induction / branching involved in salivary gland morphogenesis / lung-associated mesenchyme development / cell projection assembly / regulation of epithelial cell proliferation / outer ear morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / blood vessel morphogenesis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ureteric bud development / middle ear morphogenesis / inner ear morphogenesis / generation of neurons / positive regulation of stem cell proliferation / midbrain development / fibroblast growth factor binding / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / cardiac muscle cell proliferation / chondrocyte differentiation / salivary gland morphogenesis / calcium ion homeostasis / cell maturation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of cell cycle / positive regulation of neuron differentiation / SH2 domain binding / lung development / stem cell proliferation / stem cell differentiation / sensory perception of sound / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / brain development / neuron projection development / heparin binding / regulation of gene expression / protein autophosphorylation / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / gene expression / in utero embryonic development / cell population proliferation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynapse / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Fibroblast growth factor receptor 1, catalytic domain / Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法溶液NMR
データ登録者Kiselyov, V.V. / Bock, E. / Berezin, V. / Poulsen, F.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: NMR Structure of the First Ig Module of Mouse Fgfr1.
著者: Kiselyov, V.V. / Bock, E. / Berezin, V. / Poulsen, F.M.
履歴
登録2006年4月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Other
改定 1.22020年1月15日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_cs
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4621
ポリマ－10,4621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BASIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR RECEPTOR 1 / FGFR-1 / BFGF-R / MFR


分子量: 10461.557 Da / 分子数: 1 / 断片: IG1 MODULE OF MOUSE FGFR1, RESIDUES 25-119 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P16092, receptor protein-tyrosine kinase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

試料状態温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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