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- PDB-2ci2: CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE SERINE PROTEINASE INHIBITO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ci2
タイトルCRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE SERINE PROTEINASE INHIBITOR CI-2 FROM BARLEY SEEDS
要素CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2
キーワードPROTEINASE INHIBITOR (CHYMOTRYPSIN)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / response to wounding
類似検索 - 分子機能
Trypsin Inhibitor V, subunit A / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I / Proteinase inhibitor I13, potato inhibitor I superfamily / Potato inhibitor I family / Potato inhibitor I family signature. / Trypsin Inhibitor V; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Subtilisin-chymotrypsin inhibitor-2A
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mcphalen, C.A. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1987
タイトル: Crystal and molecular structure of the serine proteinase inhibitor CI-2 from barley seeds.
著者: McPhalen, C.A. / James, M.N.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1987
タイトル: Comparison of the Solution and X-Ray Structures of Barley Serine Proteinase Inhibitor 2
著者: Clore, G.M. / Gronenborn, A.M. / James, M.N.G. / Kjaer, M. / Mcphalen, C.A. / Poulsen, F.M.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985
タイトル: Crystal and Molecular Structure of Chymotrypsin Inhibitor 2 from Barley Seeds in Complex with Subtilisin Novo
著者: Mcphalen, C.A. / Svendsen, I. / Jonassen, I. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Preliminary Crystallographic Data for the Serine Protease Inhibitor Ci-2 from Barley Seeds
著者: Mcphalen, C.A. / Evans, C. / Hayakawa, K. / Jonassen, I. / Svendsen, I. / James, M.N.G.
履歴
登録1988年9月5日処理サイト: BNL
置き換え1988年9月7日ID: 1CI2
改定 1.01988年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月10日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET THE SHEET SPECIFIED BELOW IS AN IRREGULAR SHEET. ALL BUT ONE HYDROGEN BOND BETWEEN STRANDS 2 ...SHEET THE SHEET SPECIFIED BELOW IS AN IRREGULAR SHEET. ALL BUT ONE HYDROGEN BOND BETWEEN STRANDS 2 AND 3 ARE PROVIDED BY BRIDGING WATER MOLECULES. SEE THE REFERENCE CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE FOR DETAILS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2651
ポリマ－9,2651
非ポリマー00
水1,15364
1
I: CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5886
ポリマ－55,5886
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.015, 69.015, 52.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number177
Space group name H-MP622

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要素

#1: タンパク質 CHYMOTRYPSIN INHIBITOR 2


分子量: 9264.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 参照: UniProt: P01053
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE ORDER OF THE FIRST FOUR RESIDUES PRESENTED ON THE *SEQRES* RECORDS BELOW IS UNKNOWN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.29 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
140 %(w/v)1reservoir(NH4)2SO4
250 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→8 Å / Rfactor obs: 0.198 / σ(I): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数521 0 0 64 585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0070.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0290.016
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0210.016
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9562
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.9092
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.6113
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.2853
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.012
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1230.08
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2970.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2760.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.240.4
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor32.8
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
σ(I): 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 4471 / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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