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万見
- PDB-2cex: Structure of a sialic acid binding protein (SiaP) in the presence... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cex
タイトルStructure of a sialic acid binding protein (SiaP) in the presence of the sialic acid acid analogue Neu5Ac2en
要素PROTEIN HI0146
キーワードTRANSPORT / ESR / PERIPLASMIC BINDING PROTEIN / TRIPARTITE ATP-INDEPENDENT PERIPLASMIC (TRAP)TRANSPORT / VIRULENCE FACTOR / PERIPLASMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
TRAP transporter solute receptor, DctP family / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Sialic acid-binding periplasmic protein SiaP
類似検索 - 構成要素
生物種HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Muller, A. / Severi, E. / Mulligan, C. / Watts, A.G. / Kelly, D.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Conservation of Structure and Mechanism in Primary and Secondary Transporters Exemplified by Siap, a Sialic Acid Binding Virulence Factor from Haemophilus Influenzae
著者: Muller, A. / Severi, E. / Mulligan, C. / Watts, A.G. / Kelly, D.J. / Wilson, K.S. / Wilkinson, A.J. / Thomas, G.H.
履歴
登録2006年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp / pdbx_database_status ...chem_comp / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN HI0146
B: PROTEIN HI0146
C: PROTEIN HI0146
D: PROTEIN HI0146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,77514
ポリマ－136,8154
非ポリマー96010
水8,197455
1
A: PROTEIN HI0146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2692
ポリマ－34,2041
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROTEIN HI0146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8106
ポリマ－34,2041
非ポリマー6065
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROTEIN HI0146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3353
ポリマ－34,2041
非ポリマー1312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PROTEIN HI0146
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3613
ポリマ－34,2041
非ポリマー1582
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.448, 88.701, 115.912
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN HI0146 / SIAP


分子量: 34203.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HAEMOPHILUS INFLUENZAE (インフルエンザ菌)
プラスミド: PET21B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P44542
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 5 MM NEU5AC2EN, 5 MM ZINC ACETATE,0.1 M TRIS-HCL PH 8.5, 0.2 M MAGNESIUM CHLORIDE, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97624
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 49350 / % possible obs: 75.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 12.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→111.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 16.616 / SU ML: 0.239 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.588 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2500 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.201 46872 75.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20 Å20.1 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→111.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9515 0 44 455 10014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0229745
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7271.97113156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.985320357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3751211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.81425.928447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.282151727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.8051519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.22330
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.29009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.24651
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.25407
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1640.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2220.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.56307
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.52452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.99729703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67834035
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4924.53453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.538 32 -
Rwork0.305 519 -
obs--11.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.470.73420.31192.34821.63973.1825-0.14340.5214-0.3669-0.36480.2476-0.1980.02240.2084-0.1043-0.0156-0.03760.0120.0907-0.0824-0.054221.413122.80585.1413
21.33390.5987-0.03731.2433-0.46112.052-0.1345-0.1668-0.0784-0.08310.0471-0.20920.08620.27160.0874-0.1334-0.01470.01840.0595-0.0754-0.059829.131334.014729.4307
31.9184-0.0403-0.08012.12950.17771.4042-0.04960.21230.2263-0.19210.04950.0951-0.1736-0.13490.0001-0.1417-0.02520.0083-0.03370.0303-0.127355.7239.27217.922
42.38320.33490.64271.62560.51181.1658-0.0048-0.13250.05940.16370.017-0.03460.0461-0.0429-0.0121-0.1447-0.01730.0227-0.0417-0.03-0.108263.7782-4.035634.3025
53.15871.3037-0.58020.7805-0.11612.3253-0.3140.8929-0.374-0.25130.2326-0.07580.2737-0.43710.0814-0.0954-0.13010.02890.2432-0.0763-0.003724.8345-15.526924.6442
62.18740.6629-0.81491.0202-1.07462.53310.0142-0.0111-0.0928-0.0366-0.0338-0.12910.01590.20360.0197-0.12940.0069-0.0084-0.0141-0.0225-0.083430.9496-5.264248.082
70.9770.06940.0421.6865-0.77561.0796-0.0625-0.00550.0878-0.16810.02880.15820.0234-0.09160.0337-0.0855-0.02370.001-0.1015-0.0058-0.066-4.68943.723830.6403
81.58040.2440.68710.48380.69582.6641-0.0162-0.34160.070.1093-0.08170.18350.0247-0.31060.0979-0.0949-0.00620.0329-0.01480.0569-0.0809-0.8558-7.089254.8517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 125
2X-RAY DIFFRACTION1A213 - 254
3X-RAY DIFFRACTION2A126 - 210
4X-RAY DIFFRACTION2A256 - 288
5X-RAY DIFFRACTION3B2 - 125
6X-RAY DIFFRACTION3B213 - 254
7X-RAY DIFFRACTION4B126 - 210
8X-RAY DIFFRACTION4B256 - 300
9X-RAY DIFFRACTION5C2 - 125
10X-RAY DIFFRACTION5C213 - 254
11X-RAY DIFFRACTION6C126 - 210
12X-RAY DIFFRACTION6C256 - 300
13X-RAY DIFFRACTION7D2 - 125
14X-RAY DIFFRACTION7D213 - 254
15X-RAY DIFFRACTION8D126 - 210
16X-RAY DIFFRACTION8D256 - 300

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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