PDB-2ce7: EDTA treated

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ce7

タイトル

EDTA treated

要素

CELL DIVISION PROTEIN FTSH

キーワード

CELL DIVISION PROTEIN / CELL DIVISION / METALLOPROTEASE / FTSH

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / ATP-dependent peptidase activity / protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.44 Å

データ登録者

Bieniossek, C. / Baumann, U.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2006
タイトル: The Molecular Architecture of the Metalloprotease Ftsh.
著者: Bieniossek, C. / Schalch, T. / Bumann, M. / Meister, M. / Meier, R. / Baumann, U.

履歴

登録	2006年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ce7.cif.gz	481.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ce7.ent.gz	393.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ce7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ce7_validation.pdf.gz	811.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ce7_full_validation.pdf.gz	903 KB	表示
XML形式データ	2ce7_validation.xml.gz	59.9 KB	表示
CIF形式データ	2ce7_validation.cif.gz	89 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2ce7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2ce7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ceaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cea-1 2cea-2 4ww0-1 10216 4z8x-1 5858 6oab-d 6gcn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

B: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

C: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

D: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

E: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

F: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

ヘテロ分子

320 kDa, 6 ポリマー
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1

A: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

B: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

C: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

ヘテロ分子

A: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

B: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

C: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
320 kDa, 6 ポリマー
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2

D: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

E: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

F: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

ヘテロ分子

D: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

E: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

F: CELL DIVISION PROTEIN FTSH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
320 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	165.092, 165.092, 235.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLY	GLY	A	A	153 - 320	8 - 175
2	1	SER	SER	GLY	GLY	B	B	153 - 320	8 - 175
3	1	SER	SER	GLY	GLY	C	C	153 - 320	8 - 175
4	1	SER	SER	GLY	GLY	D	D	153 - 320	8 - 175
5	1	SER	SER	GLY	GLY	E	E	153 - 320	8 - 175
6	1	SER	SER	GLY	GLY	F	F	153 - 320	8 - 175
1	2	ILE	ILE	ARG	ARG	A	A	326 - 400	181 - 255
2	2	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	326 - 400	181 - 255
3	2	ILE	ILE	ARG	ARG	C	C	326 - 400	181 - 255
4	2	ILE	ILE	ARG	ARG	D	D	326 - 400	181 - 255
5	2	ILE	ILE	ARG	ARG	E	E	326 - 400	181 - 255
6	2	ILE	ILE	ARG	ARG	F	F	326 - 400	181 - 255
1	3	GLU	GLU	GLU	GLU	A	A	416 - 588	271 - 443
2	3	GLU	GLU	GLU	GLU	B	B	416 - 588	271 - 443
3	3	GLU	GLU	GLU	GLU	C	C	416 - 588	271 - 443
4	3	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	416 - 588	271 - 443
5	3	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	416 - 588	271 - 443
6	3	GLU	GLU	GLU	GLU	F	F	416 - 588	271 - 443

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	CELL DIVISION PROTEIN FTSH 分子量: 52756.414 Da / 分子数: 6 / 断片: CYTOPLASMIC DOMAIN, RESIDUES 147-610 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 解説: ERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSMZ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9WZ49
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 415 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 415 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 415 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 410TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 415 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 415 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LYS 415 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LYS 410 TO LEU ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LYS 415 TO ALA

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化	pH: 7 / 詳細: 30% PEG400, 0.2M CACL2, 0.1 M HEPES PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月3日
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→40 Å / Num. obs: 120494 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.44→2.51 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.44→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 21.508 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.381 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1920	1.6 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.223	118480	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.93 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.36 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.72 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.44→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19191	0	174	199	19564

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	19659
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13726
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.017	1.997	26485
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.641	3	33467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.218	5	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.56	24.095	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.939	15	3603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.618	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	21515
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.263	0.2	5151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	14959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	11109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.311	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.198	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.733	3	15704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.05	3.5	19699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.02	4.5	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.043	5	6786
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	899	tight positional	0.15	0.05
1	2	B	899	tight positional	0.15	0.05
1	3	C	899	tight positional	0.13	0.05
1	4	D	899	tight positional	0.17	0.05
1	5	E	899	tight positional	0.16	0.05
1	6	F	899	tight positional	0.1	0.05
2	1	A	442	tight positional	0.18	0.05
2	2	B	442	tight positional	0.15	0.05
2	3	C	442	tight positional	0.14	0.05
2	4	D	442	tight positional	0.15	0.05
2	5	E	442	tight positional	0.14	0.05
2	6	F	442	tight positional	0.12	0.05
3	1	A	828	tight positional	0.17	0.05
3	2	B	828	tight positional	0.2	0.05
3	3	C	828	tight positional	0.2	0.05
3	4	D	828	tight positional	0.2	0.05
3	5	E	828	tight positional	0.16	0.05
3	6	F	828	tight positional	0.17	0.05
1	1	A	1072	loose positional	0.76	5
1	2	B	1072	loose positional	0.78	5
1	3	C	1072	loose positional	0.83	5
1	4	D	1072	loose positional	0.88	5
1	5	E	1072	loose positional	0.74	5
1	6	F	1072	loose positional	0.8	5
2	1	A	567	loose positional	0.78	5
2	2	B	567	loose positional	0.94	5
2	3	C	567	loose positional	0.75	5
2	4	D	567	loose positional	0.77	5
2	5	E	567	loose positional	0.81	5
2	6	F	567	loose positional	0.94	5
3	1	A	1031	loose positional	0.66	5
3	2	B	1031	loose positional	0.78	5
3	3	C	1031	loose positional	0.73	5
3	4	D	1031	loose positional	0.76	5
3	5	E	1031	loose positional	0.65	5
3	6	F	1031	loose positional	0.84	5
1	1	A	899	tight thermal	0.63	0.5
1	2	B	899	tight thermal	0.5	0.5
1	3	C	899	tight thermal	0.34	0.5
1	4	D	899	tight thermal	0.52	0.5
1	5	E	899	tight thermal	0.54	0.5
1	6	F	899	tight thermal	0.31	0.5
2	1	A	442	tight thermal	0.67	0.5
2	2	B	442	tight thermal	0.58	0.5
2	3	C	442	tight thermal	0.44	0.5
2	4	D	442	tight thermal	0.5	0.5
2	5	E	442	tight thermal	0.52	0.5
2	6	F	442	tight thermal	0.52	0.5
3	1	A	828	tight thermal	0.67	0.5
3	2	B	828	tight thermal	0.64	0.5
3	3	C	828	tight thermal	0.67	0.5
3	4	D	828	tight thermal	0.61	0.5
3	5	E	828	tight thermal	0.66	0.5
3	6	F	828	tight thermal	0.72	0.5
1	1	A	1072	loose thermal	3.35	10
1	2	B	1072	loose thermal	2.11	10
1	3	C	1072	loose thermal	1.94	10
1	4	D	1072	loose thermal	2.05	10
1	5	E	1072	loose thermal	3.02	10
1	6	F	1072	loose thermal	2.47	10
2	1	A	567	loose thermal	3.09	10
2	2	B	567	loose thermal	3.12	10
2	3	C	567	loose thermal	2.25	10
2	4	D	567	loose thermal	2.86	10
2	5	E	567	loose thermal	2.47	10
2	6	F	567	loose thermal	3.8	10
3	1	A	1031	loose thermal	2.25	10
3	2	B	1031	loose thermal	2.42	10
3	3	C	1031	loose thermal	2.6	10
3	4	D	1031	loose thermal	2.25	10
3	5	E	1031	loose thermal	2.48	10
3	6	F	1031	loose thermal	2.84	10

LS精密化シェル

解像度: 2.44→2.5 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.343	213
R_work	0.296	8346

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.939	-0.1889	-1.2092	2.895	0.7236	6.4328	0.0767	0.1909	0.1501	-0.1067	0.1145	-0.1064	-1.0506	0.2837	-0.1912	-0.1588	-0.0439	0.0169	-0.1905	0.0055	-0.2769	13.795	93.012	43.904
2	5.0739	1.0389	4.9664	3.7643	2.8326	9.2502	-0.1576	0.2659	0.1918	-0.4893	-0.0265	-0.0393	-0.3661	0.2431	0.1841	-0.3021	0.022	-0.0091	-0.2026	0.0419	-0.2797	23.2	79.403	16.588
3	6.918	-0.5469	-0.6574	6.8742	2.4933	3.8591	0.0347	0.0372	0.7464	-0.3014	0.2225	-0.926	-0.6222	0.5012	-0.2572	-0.1711	-0.1326	0.0537	-0.1807	0.0278	-0.0783	28.19	103.091	72.843
4	12.4183	2.1949	6.774	4.1955	1.9919	7.436	0.3196	-0.1548	-0.9244	0.0247	-0.045	0.0748	0.4859	-0.0129	-0.2746	-0.2912	-0.0252	0.0587	-0.3239	0.0841	-0.1454	17.172	74.098	65.349
5	15.4705	4.4274	-3.0871	7.7671	-3.3926	3.7571	-0.3537	0.1794	4.2639	-0.6122	0.1359	1.4259	-0.6229	-0.4193	0.2178	0.3515	0.0045	-0.4041	-0.0165	-0.0838	1.2393	56.404	122.756	89.405
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11	18.5065	8.3269	1.687	5.9702	1.7459	2.8664	-1.3026	0.6743	-3.0398	-1.0234	1.2155	-1.2794	1.8102	0.3998	0.0871	1.099	-0.0786	0.4322	0.6913	-0.0545	1.3794	106.346	41.991	91.357
12	36.7098	3.3939	4.6083	26.5475	3.717	14.0052	0.5518	-3.6552	2.2731	2.0711	-1.9349	-0.5164	-1.8528	0.7736	1.3831	0.616	-0.3428	0.1694	1.0173	-0.2554	0.4529	126.456	63.267	103.79
13	3.9448	2.1006	3.6378	1.9439	2.2431	8.1824	0.0186	0.0197	0.0425	0.0306	-0.0866	0.4227	0.0522	-0.337	0.068	-0.3939	0.0164	-0.0121	-0.324	-0.0221	-0.2923	49.784	71.857	45.934
14	6.7012	4.6681	-0.2784	4.7676	-0.0456	2.2036	0.1007	-0.3181	0.1491	0.3371	-0.0196	0.5011	-0.061	-0.1885	-0.0811	-0.2879	0.0659	0.0841	-0.2882	0.0552	-0.3583	52.328	74.928	78.605
15	2.611	1.4787	-2.2279	3.1186	-2.0783	8.4194	0.033	-0.3543	0.2447	0.5026	0.0362	0.2329	-0.4631	-0.5041	-0.0693	-0.2042	0.0637	-0.0179	-0.1676	-0.0683	-0.4148	73.474	97.205	92.363
16	4.9904	4.4811	0.427	5.9159	0.9522	2.487	0.0515	0.4528	-0.609	-0.1661	0.0111	-0.2438	0.2314	0.1179	-0.0626	-0.2412	0.0943	-0.045	-0.2132	-0.1451	-0.3175	74.528	54.286	37.238
17	2.6794	2.274	-3.3961	4.7342	-3.8658	7.9157	-0.2002	0.128	-0.5993	0.1181	0.0836	0.1427	0.3824	-0.0625	0.1166	-0.2786	0.0379	0.015	-0.4214	-0.0004	-0.1356	69.702	50.561	69.008
18	2.4471	1.2699	2.5255	4.1046	1.0959	12.4997	0.0761	-0.3347	-0.1959	0.9381	-0.039	-0.3119	0.4521	0.5349	-0.037	-0.0669	0.0604	-0.0122	-0.2178	0.0549	-0.3291	87.788	67.799	91.895

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	153 - 325
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	330 - 400
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	153 - 325
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	330 - 400
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	153 - 325
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	330 - 400
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	153 - 325
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	330 - 400
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	153 - 325
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	330 - 400
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	153 - 325
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	330 - 400
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	411 - 600
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	411 - 600
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	411 - 600
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	411 - 600
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	411 - 600
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	411 - 600

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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