PDB-2ce3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ce3

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1 (CLPP1) FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

要素

ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

キーワード

HYDROLASE / SERINE PROTEASE / CLP PROTEASE / PROTEOLYTIC SUBUNIT / ENDOPEPTIDASE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / ATP-DEPENDENT PROTEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Segelke, B. / Kim, C.Y. / Ortiz-Lombardia, M. / Alzari, P.M. / Lekin, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Insights Into the Inter-Ring Plasticity of Caseinolytic Proteases from the X-Ray Structure of Mycobacterium Tuberculosis Clpp1.
著者: Ingvarsson, H. / Mate, M.J. / Hogbom, M. / Portnoi, D. / Benaroudj, N. / Alzari, P.M. / Ortiz-Lombardia, M. / Unge, T.

履歴

登録	2006年2月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ce3.cif.gz	439.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ce3.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ce3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2ce3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/2ce3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c8tC 2cbySC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u0h-1 2c8t-d 4mxi-1 3tt6-1 6vgk-d 1yg8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

B: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

C: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

D: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

E: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

F: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

G: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

H: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

I: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

J: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

K: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

L: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

M: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

N: ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1

304 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.719, 168.948, 104.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

CLPP ENDOPEPTIDASES ARE KNOWN TO BE TETRADECAMERICAND THIS IS THE MULTIMERIC STATE FOUND IN THISSTRUCTURE.HOWEVER, IN THIS PROTEIN, GEL FILTRATION AND INTER-COMPLEX REGIONS BETWEEN THE TWO HEPTAMERIC RINGS WOULDINDICATE THAT THE OLIGOMER IS LIKELY TO BE HEPTAMERICIN SOLUTION.

#1: タンパク質	ATP-DEPENDENT CLP PROTEASE PROTEOLYTIC SUBUNIT 1 / ENDOPEPTIDASE CLPP 1 分子量: 21727.664 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / 解説: INSTITUT PASTEUR COLLECTION / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P0A526, UniProt: P9WPC5*PLUS, endopeptidase Clp
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % 解説: STRUCTURE DETERMINED FROM COORDINATES OF SAME PROTEIN IN A DIFFERENT SPACE GROUP AT LOWER RESOLUTION
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE SITTING DROP METHOD WITH 400NL PROTEIN PLUS 400NL MOTHERLIQUOR AND 100UL RESERVOIR. CONDITION WAS IDENTIFIED USING A SET OF RANDOM CONDITIONS GENERATED ...詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE SITTING DROP METHOD WITH 400NL PROTEIN PLUS 400NL MOTHERLIQUOR AND 100UL RESERVOIR. CONDITION WAS IDENTIFIED USING A SET OF RANDOM CONDITIONS GENERATED WITH CRYSTOOL SOFTWARE AND OPTIMIZED TO 9.576% (W/V) PEG 2000 0.2M LITHIUM SULFATE 0.1M MOPS (4-MORPHOLINEPROPANESULFONIC ACID) PH 6.5 WITH CRYSTOOL BY REDUCING THE PARAMETER SPACE TO THE REAGENTS UTILIZED. CRYSTALS SHOWED AFTER 2 DAYS

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
解説: STRUCTURE DETERMINED FROM COORDINATES OF SAME PROTEIN IN A DIFFERENT SPACE GROUP AT LOWER RESOLUTION

結晶化

手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE SITTING DROP METHOD WITH 400NL PROTEIN PLUS 400NL MOTHERLIQUOR AND 100UL RESERVOIR. CONDITION WAS IDENTIFIED USING A SET OF RANDOM CONDITIONS GENERATED ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.5 Å / Num. obs: 90593 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 61.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CBY

2cby

解像度: 2.6→169.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 26.043 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.637 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.261	4542	5.04 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.205	90592	95.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.669 Å²	0 Å²	-0.409 Å²
2-	-	-5.613 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.399 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→169.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18064	0	0	117	18181

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	18421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.387	1.965	24891
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.112	23.886	821
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.183	15	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.126	15	129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	2839
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	8726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	12810
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.203	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.552	1.5	11966
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.95	2	18552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.494	3	7255
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.405	4.5	6332
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 11.59→169.03 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.406	60
R_work	0.339	1035

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6718	-2.6908	1.1307	6.2442	0.0131	3.8324	0.3459	0.1426	0.0698	-0.904	-0.2831	-0.1029	0.4281	-0.0407	-0.0628	-0.0921	0.0368	0.2013	-0.1271	0.0201	-0.1053	0.9028	11.9229	-6.0201
2	1.7734	-2.0199	0.5847	4.5553	-0.2597	3.9599	-0.0075	-0.1606	-0.0111	-0.122	0.1076	-0.0608	0.364	-0.1767	-0.1	-0.4333	-0.0492	0.0798	-0.1736	0.0115	-0.0672	-5.387	30.692	14.0228
3	3.5394	-3.3595	-1.1852	6.2049	0.4414	2.9661	-0.0668	-0.0328	-0.3398	0.4118	0.0036	0.2659	0.4002	-0.1189	0.0632	-0.0925	-0.0303	-0.0087	-0.1315	-0.0766	-0.143	-9.6382	26.6297	41.5687
4	3.2206	0.8473	-2.3537	6.1246	-0.724	4.2814	0.2117	-0.0055	0.0774	0.6686	-0.0489	0.2463	-0.3892	-0.234	-0.1628	0.1965	-0.0062	-0.101	-0.0719	-0.0256	-0.1875	-9.5138	2.2357	55.7597
5	2.6719	2.1569	-0.7187	5.0377	1.1977	2.7433	0.0276	0.0889	0.0092	0.5295	0.0525	-0.0297	-0.17	-0.0939	-0.0801	-0.0877	0.0645	-0.1648	-0.0575	0.0684	-0.1603	-5.2366	-23.709	45.9247
6	1.9983	1.6126	0.0065	4.284	0.1371	5.3083	-0.0874	0.0171	-0.0823	0.3387	0.0223	-0.0241	-0.0693	-0.1518	0.0651	-0.3996	0.0746	-0.001	-0.1233	-0.0241	-0.0771	0.3776	-31.9556	19.3774
7	1.0005	0.5806	1.0658	6.32	0.9847	4.7701	-0.0194	-0.0867	0.1441	-0.3905	-0.0782	0.0894	-0.5844	-0.391	0.0976	-0.3966	0.1038	0.0649	-0.1006	-0.0478	-0.0987	3.3009	-16.0275	-3.7461
8	2.3684	1.8002	-0.3627	6.548	-0.7601	3.8345	0.2267	-0.0781	0.2169	1.1168	-0.169	0.426	-0.0276	0.1926	-0.0577	-0.096	0.0724	0.1132	-0.0286	0.0265	-0.0386	-50.7595	23.3091	31.7531
9	1.7785	1.0235	-0.4624	3.2459	-0.5616	2.9428	0.068	-0.0173	-0.2837	0.3132	-0.0822	-0.1974	0.1951	0.1738	0.0142	-0.3712	0.1302	-0.1526	-0.0316	0.0984	-0.0301	-45.0941	26.0279	4.244
10	2.6471	0.6685	-2.0281	4.5171	-0.6138	3.1554	0.0805	0.0206	-0.0399	-0.1421	-0.0693	-0.2102	-0.051	0.0684	-0.0112	-0.1412	0.1178	-0.2015	0.0308	0.0418	-0.1037	-39.2633	6.0876	-14.8167
11	1.8129	-0.717	-0.6933	3.8725	-1.1635	3.5519	0.215	0.1179	-0.0104	-0.602	-0.2231	-0.0899	-0.4193	0.105	0.0081	-0.2423	0.0009	-0.1334	0.0044	-0.0557	-0.0817	-37.1318	-21.7858	-10.9778
12	2.1293	-0.9826	-0.288	2.7812	0.5163	3.6335	-0.1625	-0.1721	-0.0306	0.1845	0.0109	-0.0649	-0.2329	0.0538	0.1515	-0.4715	-0.1107	-0.0854	-0.0937	-0.056	-0.0462	-40.169	-36.2959	12.9081
13	2.2148	-2.6504	1.268	4.5135	-1.0682	4.4189	-0.2155	-0.0033	0.1214	0.281	-0.0484	0.1591	-0.1018	0.013	0.2639	-0.2182	-0.121	0.0701	-0.0877	0.0064	-0.0913	-45.8966	-26.7016	38.9511
14	1.362	0.3081	1.3226	7.291	-0.2974	7.6907	0.0359	0.089	0.0377	1.131	0.0018	0.1587	-0.4798	0.2038	-0.0377	0.0375	-0.0441	0.1777	-0.0078	0.0237	-0.1422	-50.897	-0.2015	47.2786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 191
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 191
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 191
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	15 - 193
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	15 - 191
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	15 - 191
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	15 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	15 - 191
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	15 - 191
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	15 - 191
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	15 - 193
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	15 - 191
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	15 - 191

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)