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- PDB-2cdb: Sulfolobus solfataricus Glucose Dehydrogenase 1 in complex with N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdb
タイトルSulfolobus solfataricus Glucose Dehydrogenase 1 in complex with NADP and glucose
要素GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1)
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / REDUCTASE (還元酵素) / MDR FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


aldose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / xylose binding / galactose catabolic process via D-galactonate / aldose 1-dehydrogenase activity / ガラクトース-1-デヒドロゲナーゼ (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / non-phosphorylated glucose catabolic process / glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity ...aldose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / xylose binding / galactose catabolic process via D-galactonate / aldose 1-dehydrogenase activity / ガラクトース-1-デヒドロゲナーゼ (NADP+) / galactose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / D-galactose 1-dehydrogenase / galactose 1-dehydrogenase activity / non-phosphorylated glucose catabolic process / glucose 1-dehydrogenase (NAD+) activity / glucose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] / glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / galactose binding / D-glucose binding / NADP+ binding / NAD+ binding / protein tetramerization / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Glucose 1-dehydrogenase, archaea / Glucose dehydrogenase, C-terminal / Glucose dehydrogenase C-terminus / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Glucose 1-dehydrogenase, archaea / Glucose dehydrogenase, C-terminal / Glucose dehydrogenase C-terminus / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルコース / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / グルコース-1-デヒドロゲナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Milburn, C.C. / Lamble, H.J. / Theodossis, A. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structural Basis of Substrate Promiscuity in Glucose Dehydrogenase from the Hyperthermophilic Archaeon Sulfolobus Solfataricus.
著者: Milburn, C.C. / Lamble, H.J. / Theodossis, A. / Bull, S.D. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
履歴
登録2006年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_polymer_linkage.dist / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_1 / _pdbx_validate_polymer_linkage.label_alt_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1)
B: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1)
C: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1)
D: GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,12724
ポリマ－163,6614
非ポリマー4,46620
水22,9871276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21950 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area49460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.672, 91.394, 138.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
GLUCOSE 1-DEHYDROGENASE (DHG-1) / DHG-1 / GLUCOSE DEHYDROGENASE


分子量: 40915.254 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O93715, glucose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#3: 糖
ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス / グルコース


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1292分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 41 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 41 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 41 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 41 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, THR 41 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 41 TO ALA
配列の詳細MUTATED THR 41 TO ALA

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化詳細: 8 % PEG 8000, 0.1 M TRIS (PH 8.0), 4.5 % (V/V) PROPAN-2-OL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→41.2 Å / Num. obs: 203195 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CD9

2cd9


解像度: 1.6→138.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.499 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED LOOP REGIONS ARE DELETED FROM PDB FILE. DISORDERED SIDECHAINS ARE INDICATED BY AN OCCUPANCY OF 0.01.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 10908 5.08 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 216944 96.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 13.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.057 Å20 Å20 Å2
2--0.831 Å20 Å2
3----0.774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→138.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11293 0 264 1276 12833
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02212080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.99716377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75151447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.32724.837521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.121152224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8261564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.26243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.28211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.21222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7121.57422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.078211756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74535286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6224.54621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 7.15→138.68 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.232 111
Rwork0.209 2234
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44770.16010.09690.8240.10370.35120.0167-0.0378-0.03610.09880.0016-0.07380.05610.0304-0.0182-0.00190.0053-0.0144-0.0110.0084-0.02957.2688.074-12.758
20.3879-0.0053-0.00790.7721-0.18070.5516-0.01290.0693-0.0258-0.1270.02340.060.0717-0.023-0.01040.0003-0.003-0.01780.0069-0.018-0.032844.28210.198-57.332
30.57660.1305-0.10690.30820.03240.2828-0.00030.0063-0.01390.0197-0.01270.05190.0516-0.04180.013-0.0089-0.01460.0074-0.0226-0.0013-0.019335.2562.064-22.997
4000000000000000000000000
50.38860.05440.06830.6216-0.10970.5287-0.018-0.03550.02960.11060.02530.0497-0.0508-0.0477-0.0072-0.00150.01080.0159-0.0089-0.0134-0.03345.6336.259-11.869
60.3874-0.0546-0.02790.85630.07680.49780.00270.0610.0185-0.13960.0179-0.0719-0.06940.0123-0.02050.0054-0.00130.02640.00990.0165-0.036858.86136.968-56.363
70.6376-0.00310.14810.3339-0.01240.293-0.02130.0080.04490.03610.0124-0.0897-0.0420.03840.0089-0.0156-0.0126-0.0142-0.0214-0.0062-0.00567.46642.927-21.889
80.4247-0.17080.10110.44730.00370.3816-0.00030.01410.0045-0.04570.00660.0659-0.0752-0.059-0.0062-0.00610.0223-0.0074-0.0110.0152-0.018237.55545.124-46.073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A187 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2B187 - 300
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 186
4X-RAY DIFFRACTION3A301 - 366
5X-RAY DIFFRACTION4B1 - 186
6X-RAY DIFFRACTION4B301 - 366
7X-RAY DIFFRACTION5C187 - 300
8X-RAY DIFFRACTION6D187 - 300
9X-RAY DIFFRACTION7C1 - 186
10X-RAY DIFFRACTION7C301 - 366
11X-RAY DIFFRACTION8D1 - 186
12X-RAY DIFFRACTION8D301 - 366

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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