PDB-2cco: STRUCTURE OF THE CALCIUM CHANNEL BLOCKER OMEGA CONOTOXIN GVIA, NM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2cco

タイトル

STRUCTURE OF THE CALCIUM CHANNEL BLOCKER OMEGA CONOTOXIN GVIA, NMR, 20 STRUCTURES

要素

OMEGA-CONOTOXIN GVIA

キーワード

TOXIN / CONOTOXIN / CYSTINE KNOT / INHIBITOR CYSTINE KNOT MOTIF / CALCIUM CHANNEL BLOCKER / CONE-SHELL

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Conus geographus (アンボイナ)

手法

溶液NMR / RESTRAINED SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Pallaghy, P.K. / Norton, R.S.

引用

ジャーナル: J.Pept.Res. / 年: 1999
タイトル: Refined solution structure of omega-conotoxin GVIA: implications for calcium channel binding
著者: Pallaghy, P.K. / Norton, R.S.

履歴

登録	1998年2月13日	処理サイト: BNL
置き換え	1998年7月15日	ID: 1CCO
改定 1.0	1998年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2cco.cif.gz	157.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2cco.ent.gz	111.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2cco.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2cco_validation.pdf.gz	360.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2cco_full_validation.pdf.gz	475.6 KB	表示
XML形式データ	2cco_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2cco_validation.cif.gz	21.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2cco ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2cco	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ixt-d 1ttl-d 2lo9-d 6cei-d 1av3-d 2mn1-d 2mfp-d 1fyg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OMEGA-CONOTOXIN GVIA

3.05 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	TOTAL, NOE & DIHEDRAL ENERGY
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	OMEGA-CONOTOXIN GVIA 分子量: 3046.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus geographus (アンボイナ) / 器官: VENOM GLAND / 参照: UniProt: P01522

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	DQF
1	4	1	AMIDE EXCHANGE

-
試料調製

詳細	内容: H2O
試料状態	pH: 3.4 / 温度: 299 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX 600 / 製造業者: Bruker / モデル: DRX 600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3	モデル構築
X-PLOR	3	精密化
X-PLOR	3	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3	BRUNGER	精密化
DYANA/X-PLOR			構造決定

精密化

手法: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RESTRAINED SIMULATED ANNEALING OF DIANA STRUCTURES

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: TOTAL, NOE & DIHEDRAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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