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万見
- PDB-2ca6: MIRAS structure determination from hemihedrally twinned crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ca6
タイトルMIRAS structure determination from hemihedrally twinned crystals
要素RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
キーワードSIGNALING REGULATOR / GAP / GTPASE ACTIVATION / GTPASE-ACTIVATING PROTEIN / HEMIHEDRAL TWINNING / LEUCINE-RICH REPEAT PROTEIN / LRR / MEROHEDRAL TWINNING / MEROHEDRY / RANGAP / RNA1P / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING ACTIVATOR / NUCLEAR TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMOylation of nuclear envelope proteins / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / nuclear export / GTPase activator activity / nuclear periphery / protein export from nucleus / small GTPase binding / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ran GTPase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hillig, R.C. / Renault, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Detecting and Overcoming Hemihedral Twinning During the Mir Structure Determination of RNA1P.
著者: Hillig, R.C. / Renault, L.
#1: ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1999
タイトル: The Crystal Structure of RNA1P: A New Fold for a Gtpase-Activating Protein
著者: Hillig, R.C. / Renault, L. / Vetter, I.R. / Drell, T. / Wittinghofer, A. / Becker, J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2002
タイトル: Rangap Mediates GTP Hydrolysis without an Arginine Finger
著者: Seewald, M.J. / Korner, C. / Wittinghofer, A. / Vetter, I.R.
履歴
登録2005年12月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
B: RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9306
ポリマ－86,5452
非ポリマー3844
水4,918273
1
A: RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2731
ポリマ－43,2731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6575
ポリマ－43,2731
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)175.210, 175.210, 55.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99729, 0.07335, 0.00611), (0.07336, 0.9973, 0.00167), (-0.00597, 0.00211, -0.99998)
ベクター: 76.84581, -3.71842, 47.88696)

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要素

#1: タンパク質 RAN GTPASE-ACTIVATING PROTEIN 1 / RNA1P / PROTEIN RNA1


分子量: 43272.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-TERMINI OF BOTH COPIES OF RNA1P (RESIDUES 345-386) ARE DISORDERED AND WERE OMITTED FROM THE MODEL
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P41391
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細GTPASE ACTIVATOR FOR THE NUCLEAR RAS-RELATED REGULATORY PROTEIN SPI1 (RAN), CONVERTING IT TO THE ...GTPASE ACTIVATOR FOR THE NUCLEAR RAS-RELATED REGULATORY PROTEIN SPI1 (RAN), CONVERTING IT TO THE GDP-BOUND STATE.
配列の詳細THE CONFLICT SHOWN IN THE SEQADV RECORDS BELOW SER2ALA IS A CLONING ARTEFACT DUE TO EXPRESSION ...THE CONFLICT SHOWN IN THE SEQADV RECORDS BELOW SER2ALA IS A CLONING ARTEFACT DUE TO EXPRESSION SYSTEM. MET 1 IS CLEAVED OFF.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 2 MICROLITER PROTEIN (25MG/ML IN 20MM TRIS-HCL PH7.5, 2MMDTE) AND 2 MICROLITER RESERVOIR (24% PEG2000MME, 100MM TRIS PH8.5, 200MM LI2SO4, 20MM MGCL2)., pH 8.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.0093
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0093 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→31 Å / Num. obs: 42106 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rsym value: 0.14 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→31 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE DATA SET SHOWS HEMIHEDRAL TWINNING WITH A HIGH TWIN FRACTION OF 0.39. THE MODEL WAS REFINED AGAINST THIS ORIGINAL DATA SET, I.E. REFLECTIONS NOT TWIN CORRECTED, BY USING CNX IN TWIN MODE. ...詳細: THE DATA SET SHOWS HEMIHEDRAL TWINNING WITH A HIGH TWIN FRACTION OF 0.39. THE MODEL WAS REFINED AGAINST THIS ORIGINAL DATA SET, I.E. REFLECTIONS NOT TWIN CORRECTED, BY USING CNX IN TWIN MODE. ALL R FACTORS ARE SO CALLED TWINNED R FACTORS, CALCULATED FROM THE DIFFERENCES BETWEEN THE ORIGINAL TWINNED REFLECTIONS AND THE ARTIFICIALLY TWINNED REFLECTIONS CALCULATED FROM THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2182 3957 9.1 %CNX SCRIPT MAKE_CV_ TWIN.INP, ENSURES THAT TWIN -RELATED PAIRS OF REFLECTIONS ARE EITHER BOTH IN TEST OR BOTH IN WORK SET
Rwork0.1651 ---
obs-41215 --
溶媒の処理溶媒モデル: MASK AROUND THE MOLECULE, DETERMINED AUTOMATICALLY BY CNX
Bsol: 38.2404 Å2 / ksol: 0.352164 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.948 Å20 Å20 Å2
2---3.948 Å20 Å2
3---7.896 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5380 0 20 273 5673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8972
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.7753
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.3174.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.4596
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.24 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor%反射
Rfree0.277 -
Rwork0.231 -
obs-76.25 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: ION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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