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- PDB-2ca5: MxiH needle protein of Shigella Flexneri (monomeric form, residue... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ca5
タイトルMxiH needle protein of Shigella Flexneri (monomeric form, residues 1- 78)
要素MXIH
キーワードTRANSPORT PROTEIN / MXIH / TYPE III SECRETION SYSTEM / NEEDLE COMPLEX / PROTEIN TRANSPORT / VIRULENCE
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell surface / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #90 / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Type 3 secretion system needle filament protein
類似検索 - 構成要素
生物種SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Deane, J.E. / Roversi, P. / Cordes, F.S. / Johnson, S. / Kenjale, R. / Picking, W.L. / Picking, W.D. / Blocker, A.J. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2006
タイトル: Molecular model of a type III secretion system needle: Implications for host-cell sensing.
著者: Janet E Deane / Pietro Roversi / Frank S Cordes / Steven Johnson / Roma Kenjale / Sarah Daniell / Frank Booy / William D Picking / Wendy L Picking / Ariel J Blocker / Susan M Lea /
要旨: Type III secretion systems are essential virulence determinants for many Gram-negative bacterial pathogens. The type III secretion system consists of cytoplasmic, transmembrane, and extracellular ...Type III secretion systems are essential virulence determinants for many Gram-negative bacterial pathogens. The type III secretion system consists of cytoplasmic, transmembrane, and extracellular domains. The extracellular domain is a hollow needle protruding above the bacterial surface and is held within a basal body that traverses both bacterial membranes. Effector proteins are translocated, via this external needle, directly into host cells, where they subvert normal cell functions to aid infection. Physical contact with host cells initiates secretion and leads to formation of a pore, thought to be contiguous with the needle channel, in the host-cell membrane. Here, we report the crystal structure of the Shigella flexneri needle subunit MxiH and a complete model for the needle assembly built into our three-dimensional EM reconstruction. The model, combined with mutagenesis data, reveals that signaling of host-cell contact is relayed through the needle via intersubunit contacts and suggests a mode of binding for a tip complex.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Expression, Purification, Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Mxih, a Subunit of the Shigella Flexneri Type III Secretion System Needle.
著者: Deane, J.E. / Cordes, F.S. / Roversi, P. / Johnson, S. / Kenjale, R. / Picking, W.D. / Picking, W.L. / Lea, S.M. / Blocker, A.
履歴
登録2005年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MXIH
B: MXIH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3497
ポリマ－19,0912
非ポリマー2585
水86548
1
A: MXIH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7815
ポリマ－9,5461
非ポリマー2354
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MXIH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5692
ポリマ－9,5461
非ポリマー231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)183.203, 28.123, 27.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99021, 0.10552, 0.09133), (-0.09519, 0.03213, 0.99494), (0.10205, -0.9939, 0.04186)
ベクター: -30.92649, 55.95963, 4.19609)

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要素

#1: タンパク質 MXIH


分子量: 9545.514 Da / 分子数: 2 / 断片: TRUNCATED C-TERMINUS, RESIDUES 1-78 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: PWR100 / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A223
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT IS A 5-RESIDUES C-TERMINAL DELETION MUTANT. THE LEHHHHH SEQUENCE COMES FROM THE ...THIS CONSTRUCT IS A 5-RESIDUES C-TERMINAL DELETION MUTANT. THE LEHHHHH SEQUENCE COMES FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.34 %
解説: STRUCTURE DETERMINED BY MIRAS WITH URANYL ACETATE AND SEMET DERIVATIVES
結晶化pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.6, 20% ISOPROPANOL, 10% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9794
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→28 Å / Num. obs: 8232 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 1.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SIGMAAモデル構築
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
直接法位相決定
SIGMAA位相決定
TNT5.6.1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→28 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
詳細: REFINEMENT WAS DONE WITH MAXIMUM LIKELIHOOD IN BUSTER-TNT VERSION 1.3.0 THE REGIONS A1-A19, B1- B14 AND B76-B81 WERE DISORDERED IN THE CRYSTAL AND WERE NOT MODELLED
Rfactor反射数
Rwork0.194 -
all0.196 -
obs0.194 8232
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 25 Å2 / ksol: 0.418 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 16 48 1026
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0069882
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.87913322
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.005362
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.011335
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.11598820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.044165
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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