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万見
- PDB-2c9g: THE QUASI-ATOMIC MODEL OF THE ADENOVIRUS TYPE 3 PENTON BASE DODEC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c9g
タイトルTHE QUASI-ATOMIC MODEL OF THE ADENOVIRUS TYPE 3 PENTON BASE DODECAHEDRON
要素PENTON PROTEIN
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN / VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX / DODECAHEDRON / PENTON / FIBRE / LATE PROTEIN
機能・相同性Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / T=25 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / Penton protein
機能・相同性情報
生物種HUMAN ADENOVIRUS 2 (ヒトアデノウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.3 Å
データ登録者Fuschiotti, P. / Schoehn, G. / Fender, P. / Fabry, C.M.S. / Hewat, E.A. / Chroboczek, J. / Ruigrok, R.W.H. / Conway, J.F.
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2006
タイトル: Structure of the dodecahedral penton particle from human adenovirus type 3.
著者: P Fuschiotti / G Schoehn / P Fender / C M S Fabry / E A Hewat / J Chroboczek / R W H Ruigrok / J F Conway /
要旨: The sub-viral dodecahedral particle of human adenovirus type 3, composed of the viral penton base and fiber proteins, shares an important characteristic of the entire virus: it can attach to cells ...The sub-viral dodecahedral particle of human adenovirus type 3, composed of the viral penton base and fiber proteins, shares an important characteristic of the entire virus: it can attach to cells and penetrate them. Structure determination of the fiberless dodecahedron by cryo-electron microscopy to 9 Angstroms resolution reveals tightly bound pentamer subunits, with only minimal interfaces between penton bases stabilizing the fragile dodecahedron. The internal cavity of the dodecahedron is approximately 80 Angstroms in diameter, and the interior surface is accessible to solvent through perforations of approximately 20 Angstroms diameter between the pentamer towers. We observe weak density beneath pentamers that we attribute to a penton base peptide including residues 38-48. The intact amino-terminal domain appears to interfere with pentamer-pentamer interactions and its absence by mutation or proteolysis is essential for dodecamer assembly. Differences between the 9 Angstroms dodecahedron structure and the adenovirus serotype 2 (Ad2) crystallographic model correlate closely with differences in sequence. The 3D structure of the dodecahedron including fibers at 16 Angstroms resolution reveals extra density on the top of the penton base that can be attributed to the fiber N terminus. The fiber itself exhibits striations that correlate with features of the atomic structure of the partial Ad2 fiber and that represent a repeat motif present in the amino acid sequence. These new observations offer important insights into particle assembly and stability, as well as the practicality of using the dodecahedron in targeted drug delivery. The structural work provides a sound basis for manipulating the properties of this particle and thereby enhancing its value for such therapeutic use.
履歴
登録2005年12月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.42017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.name
改定 1.52019年10月2日Group: Data collection / Other / カテゴリ: atom_sites / cell
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c
改定 1.62019年10月23日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.72024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - 集合体
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 登録構造単位
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1178
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1178
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENTON PROTEIN
B: PENTON PROTEIN
C: PENTON PROTEIN
D: PENTON PROTEIN
E: PENTON PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,0935
ポリマ－291,0935
非ポリマー00
水00
1
A: PENTON PROTEIN
B: PENTON PROTEIN
C: PENTON PROTEIN
D: PENTON PROTEIN
E: PENTON PROTEIN
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,493,12160
ポリマ－3,493,12160
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation11
2
A: PENTON PROTEIN


  • icosahedral asymmetric unit
  • 58.2 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2191
ポリマ－58,2191
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • icosahedral pentamer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: PENTON PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 349 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)349,3126
ポリマ－349,3126
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5
A: PENTON PROTEIN


  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
  • 58.2 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2191
ポリマ－58,2191
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質
PENTON PROTEIN / VIRION COMPONENT III / PENTON BASE PROTEIN / PIII


分子量: 58218.684 Da / 分子数: 5 / 断片: RESIDUES 49-571 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN ADENOVIRUS 2 (ヒトアデノウイルス)
発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03276

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN ADENOVIRUS TYPE 3 / タイプ: VIRUS
緩衝液pH: 6.6
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: LIQUID ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 2010F
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51020 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 1.4 mm
試料ホルダ温度: 95 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 14
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EM3DR2３次元再構成
2PFTsearch３次元再構成
CTF補正詳細: AMPLITUDE, PHASE
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: POLAR FOURIER TRANSFROM, FOURIER BESSELS RECONSTRUCTION
解像度: 9.3 Å / 粒子像の数: 1849 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.4 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.372 Å / 倍率補正: COMPARISON WITH THE ATOMIC STRUCTURE
詳細: TO RECONSTITUTE THE ENTIRE PENTON BASE DODECAHEDRAL PARTICLE, YOU MUST APPLY THE 12 MATRICES TO THE ENTIRE PENTAMER IN THIS ENTRY.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: RFACTOR, CORRELATION COEFFICIENT / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
精密化最高解像度: 9.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 9.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17840 0 0 0 17840

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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