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万見
- PDB-2c9e: Peridinin-chlorophyll a protein, high-salt form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c9e
タイトルPeridinin-chlorophyll a protein, high-salt form
要素PERIDININ-CHLOROPHYLL A PROTEIN
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CAROTENOIDS / CHLOROPLAST / LIGHT HARVESTING PROTEIN / LIGHT-HARVESTING POLYPEPTIDE / MULTIGENE FAMILY / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / chlorophyll binding / chloroplast / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peridinin-chlorophyll A binding protein / Peridinin-chlorophyll A binding superfamily / Peridinin-chlorophyll A binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / PERIDININ / Peridinin-chlorophyll a protein, high-salt form
類似検索 - 構成要素
生物種AMPHIDINIUM CARTERAE (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schulte, T. / Sharples, F.P. / Hiller, R.G. / Hofmann, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: X-Ray Structure of the High-Salt Form of the Peridinin-Chlorophyll A-Protein from the Dinoflagellate Amphidinium Carterae: Modulation of the Spectral Properties of Pigments by the Protein Environment.
著者: Schulte, T. / Sharples, F.P. / Hiller, R.G. / Hofmann, E.
履歴
登録2005年12月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月8日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIDININ-CHLOROPHYLL A PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,18212
ポリマ－34,6871
非ポリマー7,49511
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.576, 62.673, 63.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A

#1: タンパク質 PERIDININ-CHLOROPHYLL A PROTEIN


分子量: 34687.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) AMPHIDINIUM CARTERAE (真核生物) / 参照: UniProt: O76183
#4: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

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非ポリマー , 4種, 298分子

#2: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE IN UNIPROT IS THE RESULT OF CDNA SEQUENCING, THEREFORE SOME RESIDUES IN THE STRUCTURE ...THE SEQUENCE IN UNIPROT IS THE RESULT OF CDNA SEQUENCING, THEREFORE SOME RESIDUES IN THE STRUCTURE DIFFER FROM THE SEQUENCE IN THE DATABASE. MUTATIONS ARE LISTED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 8.5 % ISO-PROPANOL, 85 MM HEPES PH 7.5, 17 % PEG 4000, 15 % GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9198
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月27日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9198 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→37 Å / Num. obs: 20528 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 28.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.25 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PPR CHAIN M

1ppr


解像度: 2.1→36.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1228730.8 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1027 5 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 20528 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.726 Å2 / ksol: 0.327842 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.89 Å20 Å21.18 Å2
2--2.58 Å20 Å2
3----7.47 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.21 Å
Luzzati d res low-40 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2360 0 539 289 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.58
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.272
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.242.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 151 5 %
Rwork0.226 2872 -
obs--86.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4EPAR_PID-1.CHROMOETOP-NEW_PID.CHROMO

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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