PDB-2c9d: Lumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis Bound to 3-(1,3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c9d

タイトル

Lumazine Synthase from Mycobacterium tuberculosis Bound to 3-(1,3,7- TRIHYDRO-9-D-RIBITYL-2,6,8-PURINETRIONE-7-YL)HEXANE 1-PHOSPHATE

要素

6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

キーワード

TRANSFERASE / RIBOFLAVIN BIOSYNTHESIS / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / LUMAZINE SYNTHASE / INHIBITOR BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Morgunova, E. / Illarionov, B. / Jin, G. / Haase, I. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Structural and Thermodynamic Insights Into the Binding Mode of Five Novel Inhibitors of Lumazine Synthase from Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Morgunova, E. / Illarionov, B. / Sambaiah, T. / Haase, I. / Bacher, A. / Cushman, M. / Fischer, M. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2005年12月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年6月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.page_last / _struct.title
改定 1.3	2019年4月10日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c9d.cif.gz	279.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c9d.ent.gz	223.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2c9d_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2c9d_full_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示
XML形式データ	2c9d_validation.xml.gz	62.2 KB	表示
CIF形式データ	2c9d_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/2c9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/2c9d	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2c92C 2c94C 2c97C 2c9bC 1w19S 1w29 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c9b-1 2vi5-1 1w29-d 2vi5-2 1w19-d 2c94-d 2c97-d 2c92-d 2c9b-2 4j07-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

F: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

G: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

H: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

I: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

J: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

170 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

B: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

C: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

D: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

E: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.9 kDa, 5 ポリマー
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2

F: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

G: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

H: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

I: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

J: 6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.7 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.955, 79.959, 88.352
Angle α, β, γ (deg.)	64.27, 64.39, 62.81
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 15 - 160 / Label seq-ID: 15 - 160

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G
8	H	H
9	I	I
10	J	J

#1: タンパク質	6,7-DIMETHYL-8-RIBITYLLUMAZINE SYNTHASE / DMRL SYNTHASE / LUMAZINE SYNTHASE / RIBOFLAVIN SYNTHASE BETA CHAIN 分子量: 16387.559 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) プラスミド: PNCO-MT-LS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / Variant (発現宿主): XL1-BLUE 参照: UniProt: P66034, UniProt: P9WHE9*PLUS, riboflavin synthase
#2: 化合物	ChemComp-PHR / 3-(1,3,7-TRIHYDRO-9-D-RIBITYL-2,6,8-PURINETRIONE-7-YL ) HEXANE 1-PHOSPHATE 分子量: 482.380 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₇N₄O₁₁P
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 531 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	pH: 6.4 / 詳細: pH 6.40

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: 回転陽極 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月10日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: OSMIC FOCUSING MIRROR SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 77471 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.24 / % possible all: 80.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W19

1w19

解像度: 2.8→12 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.802 / SU B: 39.245 / SU ML: 0.412 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.598 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.326	1721	5.2 %	RANDOM
R_work	0.259	-	-	-
obs	0.262	31693	82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	-2.29 Å²	1.54 Å²
2-	-	0.31 Å²	0.46 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10598	0	353	531	11482

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	11062
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.338	1.998	15136
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.827	5	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.483	23.842	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.436	15	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.114	15	90
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	4860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.287	0.2	7482
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	425
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.103	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.168	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.055	1.5	7260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.139	2	11618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.387	3	3873
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.605	4.5	3518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	584	tight positional	0.03	0.05
2	B	584	tight positional	0.03	0.05
3	C	584	tight positional	0.03	0.05
4	D	584	tight positional	0.03	0.05
5	E	584	tight positional	0.05	0.05
6	F	584	tight positional	0.03	0.05
7	G	584	tight positional	0.04	0.05
8	H	584	tight positional	0.03	0.05
9	I	584	tight positional	0.03	0.05
10	J	584	tight positional	0.05	0.05
1	A	471	loose positional	0.58	5
2	B	471	loose positional	0.62	5
3	C	471	loose positional	0.54	5
4	D	471	loose positional	0.64	5
5	E	471	loose positional	0.57	5
6	F	471	loose positional	0.52	5
7	G	471	loose positional	0.65	5
8	H	471	loose positional	0.64	5
9	I	471	loose positional	0.66	5
10	J	471	loose positional	0.56	5
1	A	584	tight thermal	0.02	0.5
2	B	584	tight thermal	0.02	0.5
3	C	584	tight thermal	0.02	0.5
4	D	584	tight thermal	0.02	0.5
5	E	584	tight thermal	0.02	0.5
6	F	584	tight thermal	0.02	0.5
7	G	584	tight thermal	0.02	0.5
8	H	584	tight thermal	0.02	0.5
9	I	584	tight thermal	0.02	0.5
10	J	584	tight thermal	0.02	0.5
1	A	471	loose thermal	0.48	10
2	B	471	loose thermal	0.53	10
3	C	471	loose thermal	0.39	10
4	D	471	loose thermal	0.42	10
5	E	471	loose thermal	0.47	10
6	F	471	loose thermal	0.5	10
7	G	471	loose thermal	0.5	10
8	H	471	loose thermal	0.47	10
9	I	471	loose thermal	0.41	10
10	J	471	loose thermal	0.48	10

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.522	111	-
R_work	0.405	2198	-
obs	-	-	80.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2236	0.2211	-0.9745	2.7536	-0.1414	2.3814	0.0303	0.3982	0.1744	-0.3188	0.0518	0.3775	-0.0254	-0.4405	-0.0821	-0.1714	0.0187	-0.0273	-0.0194	0.0456	-0.0268	-24.1923	7.8026	-11.5881
2	2.5234	-0.2817	0.4408	2.4486	-0.6076	2.2357	-0.007	0.4488	0.1609	-0.6122	0.0218	0.0752	-0.0536	0.0083	-0.0148	-0.0265	-0.0167	-0.0008	-0.0254	0.0877	-0.0916	-3.4991	12.7929	-24.2564
3	1.7367	-0.6741	-0.2425	1.0845	-0.4033	2.0875	-0.0812	0.3732	-0.3359	-0.385	0.0631	-0.1343	0.2959	0.0489	0.0181	0.0215	0.0095	0.0795	0.0525	-0.0551	-0.0791	9.99	-7.2302	-24.8879
4	1.9888	0.0378	-0.0028	2.4391	0.4429	2.6878	0.0047	0.3811	-0.4948	-0.2479	-0.083	0.0179	0.4622	0.0267	0.0784	0.127	-0.0383	0.0474	-0.0933	-0.0582	0.0293	-2.1886	-24.8835	-12.6768
5	2.2439	0.392	-0.4534	3.2433	-0.0134	2.5017	-0.0589	0.2133	-0.1409	-0.2987	0.0487	0.4378	0.2763	-0.3448	0.0103	-0.0656	-0.0403	-0.0219	-0.1532	-0.002	-0.0259	-23.3288	-15.5734	-4.4277
6	2.7393	-0.366	-0.0887	2.753	0.1364	2.2749	-0.0076	-0.3343	0.3471	0.4002	-0.0768	-0.072	-0.3305	0.1984	0.0844	-0.0427	-0.055	0.0032	-0.1253	-0.0346	-0.0558	3.938	25.059	12.0608
7	2.503	0.3078	-0.2537	2.7754	0.3896	1.9243	-0.0263	-0.5643	0.1034	0.5222	0.0091	-0.0005	-0.058	-0.1203	0.0171	-0.0009	-0.0122	0.0607	-0.0455	-0.0281	-0.1018	-9.9791	8.9999	24.7078
8	0.8383	-0.2335	-0.4557	1.9663	0.0451	2.0297	0.0447	-0.4016	-0.2464	0.3469	-0.0235	-0.0922	0.2444	0.1821	-0.0212	0.0542	0.0026	-0.0271	0.0244	0.1024	-0.0838	1.738	-12.1094	25.3075
9	2.4298	0.2414	0.4726	1.3612	-0.2805	2.1909	0.094	-0.2959	-0.2344	0.279	-0.1698	-0.4787	0.172	0.4972	0.0758	-0.067	0.0479	-0.031	0.1422	0.0611	0.0741	23.0178	-9.3724	13.1718
10	3.6167	-0.5012	-0.4225	1.6747	-0.4654	2.0821	0.0214	-0.3144	0.2645	0.2622	0.0427	-0.2513	-0.1204	0.4937	-0.0641	-0.1207	-0.0097	-0.0107	0.0019	-0.0073	-0.0559	24.3313	13.6155	4.9073

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 603
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	791
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 603
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	791
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	15 - 603
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	791
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	15 - 603
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	791
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	15 - 603
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	791
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	15 - 601
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	791
13	X-RAY DIFFRACTION	7	G	15 - 601
14	X-RAY DIFFRACTION	7	G	791
15	X-RAY DIFFRACTION	8	H	15 - 602
16	X-RAY DIFFRACTION	8	H	791
17	X-RAY DIFFRACTION	9	I	15 - 601
18	X-RAY DIFFRACTION	9	I	791
19	X-RAY DIFFRACTION	10	J	15 - 602
20	X-RAY DIFFRACTION	10	J	791

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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