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- PDB-2c7z: Plant enzyme crystal form II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c7z
タイトルPlant enzyme crystal form II
要素3-KETOACYL-COA THIOLASE 2
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID METABOLISM / OXYLIPIN SYNTHESIS / LIPID SYNTHESIS / ACYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glyoxysome organization / glyoxysome / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / plant-type vacuole / fatty acid beta-oxidation / response to wounding ...glyoxysome organization / glyoxysome / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / plant-type vacuole / fatty acid beta-oxidation / response to wounding / peroxisome / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase ...: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal / 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Sundaramoorthy, R. / Micossi, E. / Alphey, M.S. / Leonard, G.A. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structure of a Plant 3-Ketoacyl-Coa Thiolase Reveals the Potential for Redox Control of Peroxisomal Fatty Acid Beta-Oxidation.
著者: Sundaramoorthy, R. / Micossi, E. / Alphey, M.S. / Germain, V. / Bryce, J.H. / Smith, S.M. / Leonard, G.A. / Hunter, W.N.
履歴
登録2005年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2651
ポリマ－42,2651
非ポリマー00
水1,838102
1
A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE 2

A: 3-KETOACYL-COA THIOLASE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5312
ポリマ－84,5312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-7.1 kcal/mol
Surface area28890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.395, 95.821, 56.125
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 3-KETOACYL-COA THIOLASE 2 / BETA-KETOTHIOLASE 2 / ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE 2 / PEROXISOMAL 3-OXOACYL-COA THIOLASE 2 / ...BETA-KETOTHIOLASE 2 / ACETYL-COA ACYLTRANSFERASE 2 / PEROXISOMAL 3-OXOACYL-COA THIOLASE 2 / PEROXISOME DEFECTIVE PROTEIN 1


分子量: 42265.398 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 38-441 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9S7M3, UniProt: Q56WD9*PLUS, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化pH: 7.7
詳細: 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.1M TRIS-HCL PH 8.5, 300MM MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 16453 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AFW

1afw


解像度: 2.37→18.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 26.77 / SU ML: 0.276 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.632 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. REGIONS WITH NO DIFFERENCE DENSITY HAVE BEEN LEFT OUT. NON DEFINED SIDE CHAINS ARE MODELLED WITH ZERO OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 725 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.202 13748 87.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→18.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2900 0 0 102 3002
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2691.9693946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6445394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58224.167108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.72215466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3961519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.22000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1020.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.461.52001
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80623116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1453996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8834.5830
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.43 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.399 35
Rwork0.259 752
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3963-3.57341.30575.7636-1.37122.11860.28540.1565-0.3244-0.87830.03960.14660.12680.011-0.325-0.0338-0.0349-0.0113-0.22610.0098-0.411529.27414.6325.46
26.6359-3.748-3.17057.45660.30042.39810.18320.734-2.7816-2.00180.24493.34160.6956-0.1316-0.42810.5985-0.0775-0.8726-0.0790.0891.30358.4765.160.338
34.2873-2.98310.55077.1889-0.96652.6316-0.4369-0.7866-0.80110.32590.90491.0339-0.0001-0.3575-0.468-0.21620.11070.0397-0.02030.2432-0.324422.73512.03418.831
41.3316-1.01340.26741.36360.37191.1192-0.132-0.1438-0.1519-0.07510.25490.1174-0.071-0.1008-0.12290.01790.0683-0.0295-0.05620.0595-0.325925.40314.36512.731
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A38 - 259
2X-RAY DIFFRACTION2A260 - 292
3X-RAY DIFFRACTION3A293 - 441
4X-RAY DIFFRACTION4A2001 - 2102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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