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万見
- PDB-2c6u: Crystal structure of human CLEC-2 (CLEC1B) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6u
タイトルCrystal structure of human CLEC-2 (CLEC1B)
要素CLEC1B PROTEIN
キーワードLECTIN / CLEC-2 / RHODOCYTIN / AGGRETIN / C-TYPE LECTIN-LIKE / PLATELETS / THROMBOSIS / CLEC1B
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet formation / GPVI-mediated activation cascade / Heme signaling / defense response / transmembrane signaling receptor activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / cell surface / signal transduction / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 1 member B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Watson, A.A. / Brown, J. / O'Callaghan, C.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure and Mutational Binding Analysis of the Extracellular Domain of the Platelet-Activating Receptor Clec-2.
著者: Watson, A.A. / Brown, J. / Harlos, K. / Eble, J.A. / Walter, T.S. / O'Callaghan, C.A.
履歴
登録2005年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLEC1B PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6011
ポリマ－14,6011
非ポリマー00
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.064, 55.065, 56.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CLEC1B PROTEIN / CLEC-2 / C-TYPE LECTIN-LIKE RECEPTOR-2


分子量: 14601.466 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 100-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: PERIPHERAL BLOOD MONONUCLEAR CELLS / プラスミド: PGMT7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9P126
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細MODELLED AS GLY, PROVEN BY DNA SEQUENCING AND MASS SPECTROSCOPY TO BE SER UNIPROT REFERENCE Q8NHR6_ ...MODELLED AS GLY, PROVEN BY DNA SEQUENCING AND MASS SPECTROSCOPY TO BE SER UNIPROT REFERENCE Q8NHR6_HUMAN REPRESENTS A SPLICE VARIANT OF THE FULL LENGTH CLEC-2 PROTEIN IN WHICH THE TRANSMEMBRANE DOMAIN IS ABSENT. A SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM RS612593 IS PRESENT AT RESIDUE 115

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.99 %
解説: A COMPOSITE MODEL WAS CONSTRUCTED USING THE CASPR WEBSERVER FROM THE FOLLOWING PDB ENTRIES 1MPU, 1K9I, 1P4L, 1QO3, 1XPH AND 1YPQ.
結晶化pH: 6.5
詳細: 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER 5000 0.1M BIS-TRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT SI (111) CRYTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. obs: 20396 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 49.02
反射 シェル解像度: 1.44→1.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Mean I/σ(I) obs: 10.13 / % possible all: 24.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CaspR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: COMPOSITE MODEL - SEE REMARKS

解像度: 1.6→39.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.593 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 762 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
obs0.161 14114 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1021 0 0 246 1267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211119
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1871.9091516
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1635131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.26424.26568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22215202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.92158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02890
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7791.5647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19121020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1683555
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1314.5495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.298 45
Rwork0.203 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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