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- PDB-2c6s: human adenovirus penton base 2 12 chimera -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c6s
タイトルhuman adenovirus penton base 2 12 chimera
要素ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN / ADENOVIRUS / CAPSID / PENTON / DODECAHEDRA / FIBER / VIRAL PROTEIN / VIRUS-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=25 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Penton protein; domain 1 / adenovirus 2 penton base, domain 2 / adenovirus 2 penton base, domain 2 / Adenovirus penton base protein / Adenovirus penton base protein / Jelly Rolls / Alpha-Beta Complex / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN ADENOVIRUS C (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zubieta, C. / Blanchoin, L. / Cusack, S.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2006
タイトル: Structural and Biochemical Characterization of a Human Adenovirus 2/12 Penton Base Chimera.
著者: Zubieta, C. / Blanchoin, L. / Cusack, S.
履歴
登録2005年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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登録構造単位
A: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
B: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
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H: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
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J: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
K: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
L: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
M: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
N: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
O: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)873,04015
ポリマ－873,04015
非ポリマー00
水00
1
A: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
B: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
C: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
D: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
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G: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
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L: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
M: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
N: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
O: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA

A: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
B: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
C: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
D: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
E: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
F: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
G: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
H: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
I: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
J: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
K: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
L: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
M: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
N: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA
O: ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,492,16060
ポリマ－3,492,16060
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)266.500, 292.900, 307.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRALAALAAA49 - 2941 - 246
21THRTHRALAALABB49 - 2941 - 246
31THRTHRALAALACC49 - 2941 - 246
41THRTHRALAALADD49 - 2941 - 246
51THRTHRALAALAEE49 - 2941 - 246
61THRTHRALAALAFF49 - 2941 - 246
71THRTHRALAALAGG49 - 2941 - 246
81THRTHRALAALAHH49 - 2941 - 246
91THRTHRALAALAII49 - 2941 - 246
101THRTHRALAALAJJ49 - 2941 - 246
111THRTHRALAALAKK49 - 2941 - 246
121THRTHRALAALALL49 - 2941 - 246
131THRTHRALAALAMM49 - 2941 - 246
141THRTHRALAALANN49 - 2941 - 246
151THRTHRALAALAOO49 - 2941 - 246
12LEULEUARGARGAA312 - 506327 - 521
22LEULEUARGARGBB312 - 506327 - 521
32LEULEUARGARGCC312 - 506327 - 521
42LEULEUARGARGDD312 - 506327 - 521
52LEULEUARGARGEE312 - 506327 - 521
62LEULEUARGARGFF312 - 506327 - 521
72LEULEUARGARGGG312 - 506327 - 521
82LEULEUARGARGHH312 - 506327 - 521
92LEULEUARGARGII312 - 506327 - 521
102LEULEUARGARGJJ312 - 506327 - 521
112LEULEUARGARGKK312 - 506327 - 521
122LEULEUARGARGLL312 - 506327 - 521
132LEULEUARGARGMM312 - 506327 - 521
142LEULEUARGARGNN312 - 506327 - 521
152LEULEUARGARGOO312 - 506327 - 521

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.30949, -0.80989, 0.49828), (0.81002, 0.49902, 0.30797), (-0.49808, 0.3083, 0.81047)-0.22123, 0.15986, -0.03825
3given(-0.80882, -0.50073, 0.30835), (0.50083, -0.31174, 0.80746), (-0.30819, 0.80752, 0.50292)-0.05122, 0.34306, -0.12568
4given(-0.80945, 0.50032, -0.30736), (-0.49934, -0.3111, 0.80863), (0.30895, 0.80802, 0.50165)0.10193, 0.23468, -0.11255
5given(0.30749, 0.80996, -0.49942), (-0.80987, 0.4983, 0.30951), (0.49955, 0.3093, 0.80919)0.18921, 0.05852, 0.0109
6given(0.50178, -0.30733, -0.80856), (-0.30986, 0.80885, -0.49974), (0.80759, 0.5013, 0.31063)0.12704, 0.09259, -0.02233
7given(0.80968, -0.49969, 0.30779), (0.49912, 0.31046, -0.80901), (0.3087, 0.80866, 0.50078)0.02585, 0.19129, 0.07743
8given(0.00172, -0.00362, 0.99999), (1, -0.00074, -0.00172), (0.00075, 0.99999, 0.00361)-0.10181, 0.31042, -0.18599
9given(-0.80886, 0.49929, 0.31057), (0.50002, 0.30615, 0.81009), (0.3094, 0.81054, -0.49729)0.00831, 0.24655, -0.22377
10given(-0.50051, 0.31061, -0.80809), (-0.31055, 0.80688, 0.5025), (0.80811, 0.50246, -0.3074)0.19736, 0.11068, -0.11444
11given(-0.30622, 0.80903, -0.50169), (-0.80989, -0.49838, -0.30936), (-0.50031, 0.31158, 0.80784)-0.02013, -0.0555, 0.13133
12given(0.31104, 0.81003, 0.4971), (-0.80799, 0.50078, -0.31045), (-0.50041, -0.30509, 0.81025)-0.11438, -0.20198, -0.02076
13given(0.49959, -0.30797, 0.80967), (-0.30661, 0.8113, 0.49777), (-0.81019, -0.49694, 0.31089)-0.11174, -0.21964, -0.07744
14given(-0.00284, -0.99999, 0.00212), (0.00121, 0.00212, 1), (-1, 0.00285, 0.0012)-0.10198, -0.15664, -0.11728
15given(-0.5022, -0.30775, -0.80814), (-0.30988, -0.80843, 0.50042), (-0.80733, 0.50174, 0.31062)-0.10794, 0.00159, -0.13176
詳細A COMPLETE DODECAHEDRAL PARTICLE CAN BE GENERATED BYUSING THE TRANSFORMATIONS IN REMARK 350.

-
要素

#1: タンパク質
ADENOVIRUS 2,12 PENTON BASE CHIMERA / PENTON PROTEIN


分子量: 58202.660 Da / 分子数: 15 / 断片: RESIDUES 49-571 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HYPERVARIABLE LOOP OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PENTON BASE REPLACED WITH HYPERVARIABLE LOOP OF HUMAN ADENOVIRUS 12
由来: (組換発現) HUMAN ADENOVIRUS C (ウイルス) / 株: SEROTYPE 2 / プラスミド: HTB / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P03276

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 50% MPD, 0.1 M TRIS 7.5, 0.2 M AMMONIUM PHOSPHATE, pH 7.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.976
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 124622 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.12
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X9P

1x9p


解像度: 3.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 63.703 / SU ML: 0.865 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.824 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 297-311 WERE DISORDERED AND NOT MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34 3041 2.5 %RANDOM
Rwork0.275 ---
obs0.276 118747 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 136.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-18.34 Å20 Å20 Å2
2---7 Å20 Å2
3----11.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数53010 0 0 0 53010
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.02254255
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1381.95573890
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.99256615
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.38123.7932610
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg25.194158880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.22915405
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.28310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0590.0241745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1740.325345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.534821
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.52558
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1480.3139
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.527
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.162234325
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.067354270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.262223100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.415319620
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X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
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2B1764tight positional0.010.05
3C1764tight positional0.010.05
4D1764tight positional0.010.05
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11K1756loose thermal0.4510
12L1756loose thermal0.4510
13M1756loose thermal0.4510
14N1756loose thermal0.4510
15O1756loose thermal0.5210
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.528 202
Rwork0.487 8132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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