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万見
- PDB-2c5z: Structure and CTD binding of the Set2 SRI domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c5z
タイトルStructure and CTD binding of the Set2 SRI domain
要素SET DOMAIN PROTEIN 2
キーワードTRANSCRIPTION / SRI DOMAIN / RNA POLYMERASE II / CTD / SET2 HISTONE METHYLTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


sno(s)RNA transcription / PKMTs methylate histone lysines / negative regulation of antisense RNA transcription / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / ascospore formation / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / DNA-templated transcription elongation / histone H3K36 methyltransferase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks ...sno(s)RNA transcription / PKMTs methylate histone lysines / negative regulation of antisense RNA transcription / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / ascospore formation / [histone H3]-lysine36 N-trimethyltransferase / histone H3K36 trimethyltransferase activity / DNA-templated transcription elongation / histone H3K36 methyltransferase activity / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription termination / methylation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Set2, Rpb1 interacting domain / WW domain / Histone-lysine N-methyltransferase, Set2, fungi / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / : / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain ...Set2, Rpb1 interacting domain / WW domain / Histone-lysine N-methyltransferase, Set2, fungi / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Set2 Rpb1 interacting domain superfamily / SETD2/Set2, SET domain / : / Set2 Rpb1 interacting domain / SRI (Set2 Rpb1 interacting) domain / AWS domain / AWS domain / AWS domain profile. / associated with SET domains / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Cysteine-rich motif following a subset of SET domains / Post-SET domain / Post-SET domain profile. / WW domain superfamily / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / WW domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-36 specific
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法溶液NMR / ARIA
データ登録者Vojnic, E. / Simon, B. / Strahl, B.D. / Sattler, M. / Cramer, P.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure and carboxyl-terminal domain (CTD) binding of the Set2 SRI domain that couples histone H3 Lys36 methylation to transcription.
著者: Vojnic, E. / Simon, B. / Strahl, B.D. / Sattler, M. / Cramer, P.
履歴
登録2005年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SET DOMAIN PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9821
ポリマ－11,9821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 SET DOMAIN PROTEIN 2


分子量: 11982.031 Da / 分子数: 1 / 断片: SET2 RPB1 INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 620-719 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: RESIDUES 1-4 IN THE CONSTRUCT USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR.
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PET 9D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46995
配列の詳細RESIDUES 1-4 IN THE CONSTRUCT USED FOR THE STRUCTURE DETERMINATION ARE FROM THE EXPRESSION VECTOR.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: NOESY
NMR実験の詳細Text: 3D_15N-SEPARATED_NOESY, 3D_13C-SEPARATED_NOESY, 3D_13C EDITED NOESY, 3D_15N EDITED NOESY, HNHA, 2 D NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.4-1MM 15N OR 15N/13C LABELLED PROTEIN, 90% WATER/ 10% D2O OR 100 % D2O
試料状態イオン強度: 20 MM SODIUM PHOSHATE, 200 MM SODIUM CHLORIDE
pH: 6.5 / 圧: 1.0 atm / 温度: 292.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS 1.1, ARIA1.2BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
精密化手法: ARIA / ソフトェア番号: 1
詳細: THE NMR ENSEMBLE HAS BEEN REFINED IN A SHELL OF WATER MOLECULES. REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE AND LINGE ET AL.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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