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万見
- PDB-2c3d: 2.15 Angstrom crystal structure of 2-ketopropyl coenzyme M oxidor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c3d
タイトル2.15 Angstrom crystal structure of 2-ketopropyl coenzyme M oxidoreductase carboxylase with a coenzyme M disulfide bound at the active site
要素2-OXOPROPYL-COM REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / COENZYME M / COM DISULFIDE / REDOX-ACTIVE CENTER / FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating) / 2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating) activity / propylene catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-THIOETHANESULFONIC ACID / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-oxopropyl-CoM reductase, carboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Pandey, A.S. / Nocek, B. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Mechanistic Implications of the Structure of the Mixed-Disulfide Intermediate of the Disulfide Oxidoreductase, 2-Ketopropyl-Coenzyme M Oxidoreductase/Carboxylase.
著者: Pandey, A.S. / Nocek, B. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
履歴
登録2005年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-OXOPROPYL-COM REDUCTASE
B: 2-OXOPROPYL-COM REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9698
ポリマ－114,8292
非ポリマー2,1406
水11,782654
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)87.790, 60.050, 105.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 2-OXOPROPYL-COM REDUCTASE / NADPH\:2-KETOPROPYL COENZYME M CARBOXYLASE/ OXIDOREDUCTASE / 2-KPCC / ALIPHATIC EPOXIDE ...NADPH\:2-KETOPROPYL COENZYME M CARBOXYLASE/ OXIDOREDUCTASE / 2-KPCC / ALIPHATIC EPOXIDE CARBOXYLATION COMPONENT II


分子量: 57414.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS (バクテリア)
株: PY2
参照: UniProt: Q56839, 2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 654 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES THE REDUCTIVE CLEAVAGE OF THE THIOETHER LINKAGE OF 2-KETOPROPYL-COENZYME M, AND THE ...CATALYZES THE REDUCTIVE CLEAVAGE OF THE THIOETHER LINKAGE OF 2-KETOPROPYL-COENZYME M, AND THE SUBSEQUENT CARBOXYLATION OF THE KETOPROPYL CLEAVAGE PRODUCT, YIELDING THE PRODUCTS ACETOACETATE AND FREE COENZYME M.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化詳細: 0.17 M SODIUM ACETATE 0.085M TRIS-HCL PH 8.5 25.5% PEG4000 15% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 58516 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル最高解像度: 2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1M09

1m09


解像度: 2.15→37.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1257092.13 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 2162 1.9 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.203 111633 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 67.0819 Å2 / ksol: 0.375927 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.22 Å20 Å22.36 Å2
2--1.08 Å20 Å2
3---1.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8046 0 134 654 8834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.771.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.452
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.262.5
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 365 2.2 %
Rwork0.248 16521 -
obs--87.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2FAD-NEW.PARCOM.TOP
X-RAY DIFFRACTION3COM.PARFAD-NEW.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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